Базальтовая вата Isoroc Изофас 110 1000х500х100 мм 4 штуки в упаковке, цена
Базальтовая вата Isoroc Изофас 110 1000х500х100 мм 4 штуки в упаковке Isoroc Изофас представляет собой минералволоконные плиты, созданные из каменной ваты, полученной при расплаве горных пород базальтовой группы. Этот утеплитель обладает всеми полезными свойствами минволокна: он экологически чист, безопасен для здоровья человека и животных, относится к классу негорючих, и не выделяет в атмосферу токсичных веществ. Благодаря высокой гидрофобности, плиты Изофас не накапливают влагу, что исключает…
Читать далее- Влагостойкость
?
Влагостойкость – способность долговременно сопротивляться разрушающему действию влаги при периодических увлажнениях и высыханиях.
- Да
- Группа горючести
?
Условная характеристика определенного материала, отображающая его способность к горению. По горючести строительные материалы делятся на негорючие (НГ) и горючие (Г):
- Слабогорючие (Г1)
- Умеренногорючие (Г2)
- Нормальногорючие (ГЗ)
- Сильногорючие (Г4)
Подробнее о классах пожарной опасности можно прочитать здесь
- НГ
- Материал основания
?
Перечень материалов, на которые можно крепить теплоизоляционные материалы
- Газобетон, Бетон, Кирпич, Пеноблок, Дерево
- Серия
?
Группа товаров, объединенные одним или несколькими характерными параметрами.
- Изофас
- Страна производства
- Тип применения
?
Использование теплоизоляционных материалов возможно для наружного или внутреннего применения.
- Для наружного применения
- Форма выпуска
?
Теплоизоляционные материалы могут выпускаться в виде рулонов и плит.
- Плиты
Утеплитель Isoroc Изофас-110 – ООО БазальтГрупп
Утеплитель Isoroc Изофас-110 – ООО БазальтГрупп Режим работыПН-ВС 9.00-19.00
+7 (916) 125-55-03
+7 (495) 542-38-30
Технические характеристики ИЗОФАС 110 |
Единица измерения |
Показатель |
Плотность |
кг/м3 |
110 |
Длина |
мм |
1000 |
Ширина |
мм |
|
Толщина |
мм |
50-100 |
Прочность на сжатие при 10% -й деформации |
кПа, не менее |
25 |
Прочность на отрыв слоев |
кПа, не менее |
5 |
Теплопроводность |
||
– При температуре 10 С |
Вт/(м. |
0,034 |
– При температуре 25 С |
0,036 |
|
– При условиях эксплуатации А |
0,04 |
|
– При условиях эксплуатации Б |
0,042 |
|
Водопоглощение по объему |
%, не более |
1 |
Содержание органических веществ, по массе |
4 |
|
Горючесть |
группа |
НГ |
Утеплители для дома снаружи
Минплиты и пароизоляция
Утеплители Isoroc
– СЕО продвижение сайта магазина
НаверхИЗОФАС-110.Плиты ИЗОФАС-110.Плиты минераловатные ISOFAS-110.Утеплитель ИЗОФАС-110.
На главную > Теплоизоляционные материалы > ИЗОРОК > Плиты ИЗОФАС-110
Плиты ИЗОФАС -110 (ISOFAS-110, ISOROC-F110)
ИЗОФАС-110 – это вид минераловатной теплоизоляции ИЗОРОК. Утеплитель ИЗОФАС-110 представляет собой негорючие теплоизоляционные гидрофобизированные плиты, которые изготавливаются из природного сырья: минеральной ваты на основе каменных базальтовых пород. Плиты ИЗОФАС-110 производятся на современном оборудовании в соответствии с ТУ 5762-001-50077278-02,ТУ 5762-005-53792403-10 и ТС 4566-15,имеют прямоугольную форму и выпускаются с толщиной плиты от 50 мм до 150 мм.
Свойства и преимущества
- Низкая теплопроводность утеплителя
- Высокая степень гидрофобности плит
- Отличная паропроницаемость материала
- Высокая прочность плит на отрыв слоев
- Хорошая звуко-изолирующая способность
- Высокая прочность плиты при деформации
- Пожаробезопасность и огнестойкость
- Экологически чистый материал
Область применения утеплителя ИЗОФАС-110
Основными областями применения теплоизоляционных плит ИЗОФАС-110 является устройство наружной теплоизоляции стеновых ограждающих конструкций по технологии «мокрый фасад», имеющих стены с толстослойным штукатурным покрытием, которое наносится по стальной армирующей сетке.
Также утеплитель ИЗОФАС 110 можно применять в качестве теплоизоляционного слоя при устройстве фасадных композиционных систем на малоэтажных зданиях, имеющих наружные штукатурные слои.
Технические характеристики плит ИЗОФАС -110 (ISOFAS-110, ISOROC-F110)
Наименование
| Показатель | Ед.измерения |
Плотность плиты | 110 | кг/м3 |
Толщина плиты | 50-150 | мм |
Ширина плиты | 500/600 | мм |
Длина плиты | 1000 | мм |
Прочность на отрыв слоев | 5 | кПа, не менее |
Прочность плиты на сжатие при 10% -й деформации | 25 | кПа, не менее |
Теплопроводность утеплителя -При температуре 10 С -При температуре 25 С -При условиях эксплуатации А -При условиях эксплуатации Б |
0,034 0,036 0,040 0,042 |
Вт/(м. |
Паропроницаемость, мг/(м·ч·Па) | 0,3 | %, не менее |
Водопоглощение при кратковременном и частичном погружении, кг/м2 | 1,0 | %, не более |
Горючесть плиты | НГ | группа |
Содержание органических веществ, по массе | 4,0 | %, не более |
Утеплитель Изорок Изофас 110 цена за м3
Описание
Описание
Базальтовый утеплитель Isoroc Изофас-110 (плотность 110 кг/м3) изготавливают из минеральной ваты – тончайших волокон, полученных выдуванием расплавленного до 1500 ˚С минерала (базальта, доломита, известняка).
Преимущества теплоизоляционных плит:
- стойкость к пониженным и повышенным температурам;
- долговечность;
- влагозащишенность, паропроницаемость;
- огнеустойчивость;
- шумоизолирующие свойства;
- невосприимчивость к гниению;
- экологическая безвредность.
Утеплитель Изофас 110 востребован на одной из самых важных стадий строительства – утеплении фасадов. Именно через фасад происходит около 20% теплопотерь.
Благодаря минераловатным плитам Изофас 110 обеспечивается технология «сухого» (вентилируемого) утепления и «мокрого фасада».
Купить утеплитель ISOROC Изофас 110
Если Вы ищите низкую цену на “Утеплитель Изорок Изофас 110”, то интернет-магазин ТеплоСнаб поможет вам совершить выгодную покупку. На сайте компании вы найдете детальное описание, фото, характеристики, а также честные отзывы про “Утеплитель Изорок Изофас 110” от реальных покупателей. Нужна помощь в выборе? Специалисты магазина ТеплоСнаб всегда готовы помочь – позвоните по телефону +7 (495)197-65-01. Купите строительные материалы с доставкой или заберите заказ из ближайшего склада в Москве.
Технические характеристики
Технические характиристики
Плотность, кг/м3
110
Теплопроводность λ10, Вт/(м. К)
0,034
Теплопроводность λ25, Вт/(м.К)
0,036
Теплопроводность λ125, Вт/(м. К)
0,040
Теплопроводность λ300, Вт/(м.К)
0,042
Сжимаемость, %/(м. К)
не более 10
Влажность по массе, %/(м.К)
не более 0,3
Содержание органических веществ, %, не более
4
Группа горючести
НГ
Прочность на сжатие, кг/м2
25
Водопоглощение при кратковременном и частичном погружении, кг/м2, не более
1,0
Базальтовая вата Isoroc Изофас 110
Базальтовая вата Isoroc Изофас 110
Размер плиты | Количество в упаковке, шт |
1000х500х50 мм | 8 |
1000х500х80 мм | 5 |
1000х500х100 мм | 4 |
1000х500х140 мм | 2 |
1000х600х50 мм | 6 |
1000х600х80 мм | 4 |
1000х600х100 мм | 3 |
1000х600х140 мм | 2 |

Базальтовые плиты Isoroc Изофас 110 предназначены для применения в гражданском и промышленном строительстве при устройстве наружного утепления стеновых ограждающих конструкций жилых, общественных и производственных зданий по технологии «мокрый фасад». Плиты Isoroc Изофас 110 и Isoroc Изофас 140 могут применяться в качестве теплоизоляционного слоя в фасадных композиционных системах с тонкими штукатурными слоями, а плиты Isoroc Изофас 90 и Isoroc Изофас 110 в системах с толстыми наружными штукатурными слоями, наносимыми по стальной армирующей сетке. Также плиты Isoroc Изофас 110 можно использовать в качестве теплоизоляционного слоя в фасадных композиционных системах с наружными штукатурными слоями на малоэтажных зданиях.
Уникальные особенности базальтовой ваты Isoroc Изофас 110:
– низкая теплопроводность;
– высокая огнестойкость;
– высокая прочность при деформации;
– высокая прочность на отрыв слоев;
– высокая степень гидрофобности;
– высокая звукоизолирующая способность;
– хорошая паропроницаемость;
– экологическая чистота.
Базальтовая вата Isoroc Изофас 110 применяется в стенах с толстослойным и тонкослойным штукатурным покрытием.
Если у Вас возникли трудности при оформлении заказа через сайт – свяжитесь с нами по телефонам: +7 495 142 34 35; +7 926 077 45 82
Утеплитель минеральный 110 Isoroc Изофас-110 2(1000x600x140 мм)
Эти теплоизоляционные плиты предназначены для применения в гражданском и промышленном строительстве при устройстве наружного утепления стеновых ограждающих конструкций жилых, общественных и производственных зданий по технологии «мокрый фасад». Плиты Изофас могут применяться в качестве теплоизоляционного слоя в фасадных композиционных системах с тонкими штукатурными слоями, а плиты Изофас-110 в системах с толстыми наружными штукатурными слоями, наносимыми по стальной армирующей сетке. Также их можно использовать в качестве теплоизоляционного слоя в фасадных композиционных системах с наружными штукатурными слоями на малоэтажных зданиях.
Состав и свойства теплоизоляции Изорок Изофас -110
Негорючие гидрофобизированные плиты из минеральной ваты на основе каменных пород. Утеплитель может выдерживать большие нагрузки, и при этом его теплотехнические характеристики не изменяются. Основная сфера применения плит Изорок Изофас -110 – утепление фасадов с тонкослойной штукатуркой. Так как теплоизоляционные плиты обладают высоким коэффициентом прочности на отрыв слоев, их можно использовать в тонкослойных штукатурных фасадах.
Преимущества теплоизоляционных плит, используемые для наружной теплоизоляции стен:
- снижаются затраты на отопление здания, так как утеплитель обеспечивает необходимое сопротивление теплопередаче во всех типах ограждающих конструкций;
- экономятся средства на возведение стен и создание фундамента, так как утеплитель Изофас имеет небольшой вес, но при этом обладает высокими теплоизоляционными характеристиками;
- создают благоприятный климат в доме, так как плиты накапливают тепло в ограждающей конструкции;
- не уменьшают полезную площадь внутри помещений;
- улучшают звукоизоляцию внешних стен здания;
- не разрушается стальная арматура в несущих стенах;
- снижаются трудозатраты на внешнюю отделку реконструируемых зданий;
- увеличивается срок эксплуатации несущих стен, так как утеплитель не имеет термических деформаций;
- позволяют выбирать разнообразные архитектурные и цветовые решения;
- не нужно дополнительно защищать межпанельные швы в панельных домах;
- могут использоваться в реконструируемых строениях и во вновь строящихся домах.
Характеристики
- Длина: 1000 мм
- Ширина: 500 мм, 600 мм
- Толщина: 150 мм, 140 мм, 120 мм, 100 мм, 80 мм, 60 мм, 50 мм
- Технические характеристики и свойства утеплителя:
- Плотность, кг/м³ (±10 %): 110
- Теплопроводность, Вт/(м·К) λ10: 0.034
- Теплопроводность, Вт/(м·К) λ25: 0.
036
- Теплопроводность, Вт/(м·К) λА: 0.042
- Теплопроводность, Вт/(м·К) λБ: 0.042
- Группа горючести: НГ
- Прочность на сжатие при 10% деформации, не менее кПа: 25
- Прочность на отрыв слоев, кПа не менее: 5
- Водопоглощение, не более % по объему: 1
- Содержание органических веществ, не более % по массе: 4
- Влажность, не более % по массе: 0.5
- Производитель: Изорок
Внимание! Цвет, характеристики и комплектация могут быть изменены по инициативе производителя без уведомления и отличаться от сайта!
Рейтинг: 0/5.
Основано на 0 отзыв
Плиты ИЗОФАС 110 плотность – 950,00 ₽
Плиты ИЗОФАС 110 плотность – 950 ₽ . Купить товар и заказать его доставку в компании ООО «Альмира». Стоимость доставки уточняйте у менеджера
Минеральная вата
Минеральная вата, купить которую можно в Калужской области любым объемом, от компании «Альмира» – это практичный теплоизоляционный материал, используемый в промышленном строительстве.
Назначение продукции
- повышение свойств шумопоглощение и теплоизоляции;
- улучшение внутри помещения микроклимата;
- обеспечение пожароустойчивости строительных конструкций;
- снижение нагрузки на фундаментную подушку за счет минимальной толщины стен.
Отличительная особенность изделия – использование технологий, разработанных в Германии, и оборудования шведского качества. В результате мы имеем более экономичное производство, что влияет на конечную стоимость минеральной ваты в нашем интернет-магазине.
Технические характеристики
В зависимости от модели определяется плотность утеплителя. Например, маркировка П125 означает, что показатели плотности составляет 125 г на м2. Чем выше этот параметр, тем прочнее и устойчивее материал к деформациям, и тем шире область его применения.
Коэффициент сжимаемости 2-20%.
Паронепроницаемость – 0,55 мг/ мг/м*ч*Па. Чем выше этот уровень, тем благоприятнее будет микроклимат, что гарантирует отсутствие конденсата и плесени.
Теплопроводность – при 283 К 0.042 Вт/мК. Это значение указывает на теплоизоляционные характеристики продукта и его способность максимально долго удерживать тепло.
Категория горючести – в основе волокон изделия лежит каменное сырье, которое не поддерживает горение и выдерживает температуру до 1000 °C.
От чего зависит стоимость минеральной ваты
На минеральную вату цена формируется на основании технических характеристик, вида плит и модификации продукта. Например, стоимость будет выше на материал плотностью 50 мг на м2, более низкой теплопроводностью и назначением – для утепления кровли скатного типа, в сравнении с облегченными модификациями.
Для улучшения теплоизоляционных свойств вашего дома качественную минеральную вату купите в Обнинске по цене от производителя! Мы предлагаем материал с достойными звукоизоляционными характеристиками, отличной паронепроницаемостью и хорошим сопротивлением к разрыву.
Ассортимент продукции
Теплоизоляционные материалы “Изорок” одни из лучших в своей сфере, поэтому наша компания предлагает большой ассортимент продукции этой торговой марки. Купить минеральную вату Изорок в Обнинске вы можете по выгодной цене в магазине Альмира.
Если вы не смогли найти интересующий вас товар, то мы можем привезти его на заказ. Возможность поставки интересующего вас товара можно выяснить следующими способами:
- связаться с нашими менеджерами по телефонам +7 (915) 896-49-68, +7 (484) 399-72-11;
- заказать обратный звонок
Системы шинопроводов с изолированной фазой
Инновационные системы изолированной фазы шинопроводов для удовлетворения глобальных требований
По всему миру системы шинопроводов среднего напряжения AZZ используются в широком спектре критических приложений, требующих высочайшей степени надежности. На протяжении десятилетий заводы и предприятия полагались на знания и опыт AZZ в разработке индивидуальных решений для обеспечения непревзойденной производительности в изолированных фазных шинопроводах.
Развернутые в качестве главных выводов генератора до трансформаторов GSU и вспомогательных / вспомогательных трансформаторов возбуждения, системы с изолированными фазными шинами AZZ представляют собой экономичный, полностью интегрированный вариант для различных приложений:
- Гидроустановки
- Атомные электростанции
- Электростанции парогазового цикла
- Ископаемые растения
- Возобновляемые источники энергии
Преимущества ценностного партнера
Как поставщик из одного источника, AZZ может предоставить возможности для повышения рентабельности, недоступные другим поставщикам шинных систем.Наши отводы и тройники привариваются на заводе и их проще установить, что снижает затраты на полевых условиях. Наши обширные возможности по транспортировке включают транспортировку 40-футовых секций со всеми тремя фазами, отправляемыми на одной платформе, что также снижает полевые затраты.
Создан для оптимальной производительности
Благодаря усовершенствованной конструкции AZZ каждая фаза монтируется в отдельных корпусах с воздушной изоляцией проводников и поддерживается в корпусах центральной фазы с помощью стратегически расположенных изоляторов.Этот более безопасный подход обеспечивает максимальную целостность системы, исключающую междуфазные короткие замыкания, в то время как наши изолированные опоры седла предотвращают наводку тока в стальных конструкциях, кабелях, трубах или других металлических конструкциях. AZZ может спроектировать и установить всю систему, включая интерфейсы с основными производителями генераторов, автоматических выключателей генераторов и трансформаторов.
Рейтинги
- Ток: 600–25 000 (с воздушным охлаждением)
- До 50 000 ампер (с воздушным охлаждением)
- Напряжение: 15–38 кВ
- Уровни изоляции: 110–200кВ (БИЛ)
- Кратковременный ток: до 1000000 ампер, асимметричный
- Соответствует или превосходит стандарты ANSI / IEEE и IEC
SAMDAILY.US – ВЫПУСК ОТ 22 ИЮЛЯ 2020 г. SAM № 6810 УВЕДОМЛЕНИЕ О СОЛИЦИТАЦИИ 59 – Изоляторы изофазы в Нижнем Снейк-Ривер
| Индекс FSG | Указатель этого выпуска | Страница ежедневного индекса SAM | |
SAMDAILY.US – ВЫПУСК ОТ 7 НОЯБРЯ 2020 SAM # 6918 УВЕДОМЛЕНИЕ О СОЛИЦИТАЦИИ 59 – Изофазные втулки Lower Snake Rivers
| Индекс FSG | Указатель этого выпуска | Страница ежедневного индекса SAM | |
Isophase Technical Sheet.pdf
или выводы главного генератора с номинальным током от 6 кА до 50 кА, изолированная фазовая шина является решением.Изолированная фаза
Системы шиниспользуются исключительно для выводов главного генератора, где требуются минимальные внешние электромагнитные поля и максимальная защита от межфазного замыкания.
TECHNIBUS предлагает полную линейку систем с изолированной фазовой шиной для тех ситуаций, когда требуются высокие токи с максимальной целостностью. TECHNIBUS может обеспечить номинальный постоянный ток от 1 200 А до 50 000 А с номинальным током короткого замыкания до 900 000 А.
Он состоит из алюминия с высокой проводимостью.В зависимости от требуемого диаметра
используются экструдированные трубы или трубы, прокатанные из листового металла. Форма трубок позволяет точно рассчитать смещение тока и рассеивание тепла, а также силы короткого замыкания. Алюминиевые расширительные элементы со сварными соединениями допускают тепловое расширение проводника. Обслуживание не требуется.
nclocks также сделаны из алюминия высокой проводимости высокой проводимости. Корпуса изготавливаются из катаных листов или листов различного диаметра и толщины стенок и свариваются
вместе с использованием дуговой сварки в среде защитного инертного газа.Корпус является самонесущим на длине около 65 футов, что позволяет свободно выбирать фиксированные точки. Деформационные швы в виде алюминиевых сильфонов на концах допускают тепловое расширение.
Изоляторы опор из смолыast поддерживают провод и расположены в корпусе таким образом, чтобы обеспечить надлежащий воздушный зазор между проводником и заземленным корпусом. Скользящая поверхность
на головке изолятора опоры позволяет относительные перемещения между корпусом и проводом в осевом направлении.Один изолятора каждой системы поддержки оснащен регулируемым пружинный элементом типа для компенсации любых отклонений в трубах диаметра в процессе монтажа, а также какие-либо движения проводников, вызванные коротким замыканием.
1501 Raff Road SW Canton, OH 44710 http://www.technibus.com [email protected] 330-478-6395
Изолированная фазная шина F
Проводник (A)
T
Корпус (B)
E
Изоляторы опор (C)
C
Пожалуйста, свяжитесь с вашим местным торговым представителем, чтобы запросить нашу полную брошюру по изолированной фазе.
A BConductor Enclosure
Post Insulator
C
1501 Raff Road SW Canton, OH 44710 http://www. technibus.com [email protected] 330-478-6395
Типичная конфигурация изолированной фазовой шины.
Таблица размеров и расстояний Все размеры указаны в дюймах
ПЛАН ДИЗАЙНА TECHNIBUS IPB (ПОДЪЕМ 65C / РАССТОЯНИЕ 40C, 60 ГЦ) ПЛАН ДИЗАЙНА TECHNIBUS IPB (ПОДЪЕМ 65C / РАССТОЯНИЕ 40C, 60 Гц) ПЛАН ДИЗАЙНА TECHNIBUS IPB (65C RISE) ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА, 60 ГЦ) ПЛАН ДИЗАЙНА TECHNIBUS IPB (ПОДЪЕМ 65C / ОКРУЖЕНИЕ 40C, 60 ГЦ) ПЛАН ДИЗАЙНА TECHNIBUS IPB (ПОДЪЕМ 65C / ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА 40C, 60 ГЦ) ПЛАН ДИЗАЙНА TECHNIBUS IPB (ПОДЪЕМ 65C / РАСШИРЕНИЕ 40C, 60 ГЦ) ТЕХНИКА / 40C ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА, 60 Гц) ПЛАН ПРОЕКТА TECHNIBUS IPB (ПОДЪЕМ 65C / ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА 40C, 60 ГЦ) ПЛАН ПРОЕКТИРОВАНИЯ TECHNIBUS IPB (ПОДЪЕМ 65C / ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА 40C, 60 Гц)
Номинальное напряжение
Номинальный ток
Диаметр(D1) Конд.)
(D2) Encl Dia (дюймы)
(A) Phs Spc (дюймы)
Wt./3-Phs FT.
ПотериВт на 3 фута фут.
Емкость пикофарад на фут / фазу
Индуктивность – Генри на
футов / фаза
15 кВ – 24 кВ –
110/125 кВ BIL
– 50/60 кВ
4,00 21,63 26,75 112 160 10,1 0,10015 кВ – 24 кВ –
110/125 кВ BIL
– 50/60 кВ Hi-
Pot
6000 7.50 25,25 29,00 115 392 14,1 0,074
15 кВ – 24 кВ –
110/125 кВ BIL
– 50/60 кВ Hi –
Pot
8000 11,00 28,75 31,50 139 528 17,8 0,058
15 кВ – 24 кВ 110/125 кВ BIL
– 50/60 кВ Hi-
Pot
9000 11,00 28,75 31,50 164584 17,8 0,058 15 кВ – 24 кВ
– 110/125 кВ
BIL –
50/60 кВ Hi-Pot
10000 14.50 32,25 36,00 163 694 21,4 0,04815 кВ – 24 кВ
– 110/125 кВ
BIL –
50/60 кВ Hi-Pot
11000 14,50 32,25 36,00 182 758 21,4 0,04815 кВ – 24 кВ
– 110/125 кВ
BIL –
50/60 кВ Hi-Pot
12000 18,00 35,75 41,50 215 698 25,1 0,041
15 кВ – 24 кВ –
110/125 кВ BIL
– 50/60 кВ Hi-
Pot
Pot 14000 18. 00 35,75 41,50 263741 25,2 0,041
15 кВ – 24 кВ –
110/125 кВ BIL
– 50/60 кВ Hi-
Pot16000 21,50 39,38 47,63 302838 28,6 0,036
15/0005 1105 1104 –
KV BIL
– 50/60 KV Hi-
Pot 17000 25,25 42,75 51,50 304 946 32,9 0,032
15KV – 24KV –
110/125 KV BIL
– 50/60 KV Hi-
Pot20000 28.75 46,50 59,00 387 1090 36,0 0,029
15 кВ – 24 кВ –
110/125 кВ BIL
– 50/60 кВ Hi-
Pot
22000 32,25 50,00 63,00 421 1198 39,50 0,026
15 кВ – 24 кВ
15 кВ – 24 кВ 110/125 кВ БИЛ
– 50/60 кВ Hi-
Pot
24000 35,75 53,50 67,00 456 1306 43,00 0.024
15KV – 24KV –
110/125 KV BIL
– 50/60 KV Hi-
Pot
26000 39,38 57,00 71,00 544 1294 47,50 0,02223KV – 27 KV 150 KV BIL
80 KV Hi-Pot
3000039,38 67,75 82,75
626 1397 31,90 0,03323 кВ – 27 кВ 150 кВ BIL
80 кВ Hi-Pot 3200039,38 67,75 82,75
670 1476 31,90 0,033
Pub 110 – Maritime 9000 LIST Страница 20001: Информация по безопасности на море 9000 ОГРАНИЧЕНИЯ ОСВЕЩЕНИЯ NATIONAL GEOS

(1) No. 1156 H 0693 1160 H 0694 116
(1) No. 1270 H 0655.1 1271 H 0654.9
(1) № 1390 H 0623.5 1392 H 0623 1
(1) № 1552 H 0562 1556 H 0556 156
(1) Нет.(2) Название и местонахождение (3) P
(1) No. 1820 H 0474 1824 H 0472 182

(1) No. 1964 H 0424 1968 H 0424.1 2
(1) № 2124 H 0362 2128 H 0360 213
(1) № 2300 H 0300 2304 H 0298 230
(1) № 2418 H 0242.5 (2) Имя и
(1) № 2572 H 0197 2576 H 0197.2 2
(1) № .2720 H 0144,5 2722 H 0141,7
(1) No. 2812 H 1890.2 2816 H 1890.4
(1) No. 2952 H 1907.1 2956 H 1909 2
(1) № 3249.5 H 1997.6 3250 H 1997
(1) № 3436 H 2106 3456 H 2108 346
(1) No. (2) Название и местонахождение (3) P
(1) No.3868 H 2286 3872 H 2286.1 3
(1) No. 4124 H 2340 4128 H 2340.1 4
(1) No. 4544 H 2382 4560 H 2387 458
(1) № 4988 H 2411 5028 H 2414 503
(1) № 5408 H 2482.1 5448 H 2484 5
(1) No. 6244 H 2560.1 6256 H 2558 6
(1) No.6715.2 H 2160.1 6724 H 2146
(1) No. 6906 H 1798 6914 H 1782 692
(1) No. 7063 H 1698.1 7064 H 1692 7
(1) № 7244 H 1592 7248 H 1592.1 (
(1) № 7392 H 1530 7396 H 1531 (2)
(1) № 7556 H 1496 7560 H 1496.1 7
(1) No. 7756 H 1325 7764 H 1324 776
(1) No.7944 H 1124 7948 H 1129 795
(1) No. 8164 H 0962 8184 H 0978 818
(1) No. 8348 H 1059 8352 H 1059.1 8
(1) № 8528 H 1300 8532 H 1300.1 8
(1) № 8688 H 1230 8692 H 1230.1 8
(1) No. 8844 H 0873.2 8848 H 0872 8
(1) No. 9057 H 0832 9058 H 0833 906
(1) No.9224 H 3358 9226 H 3359 923
(1) No. 9524 H 3462.1 9528 H 3460 9
(1) № 9836 H 3568 9848 H 3570 985
(1) № 10088 H 3670 10092 H 3672 1
(1) No. 10348 H 3753 10352 H 3754 1
(1) No. 10636 H 3804 10640 H 3805 1
(1) No.10852 H 3874 10860 H 3876 1
(1) No. 11052 H 4032 11056 H 4034 1
(1) № 11420 H 4181,5 11424 H 4180
(1) No. 11536 J 2968 11540 J 2974 1
(1) No. 11668 J 4550 11672 J 4540 1
(1) No. 11800 J 4572 11804 J 4575 1
(1) No.11933 J 4630 11936 J 4624,5
(1) № 12056 J 4648 12056,1 J 4648
(1) № 12124 J 4728 12128 J 4726 1
(1) № 12300 J 4794 12304 J 4778 1
(1 ) No. 12580 J 4857 12585 J 4858 1
(1) No. 12716 J 4900 12720 J 4899 1
(1) No.12884 J 4944 12886 J 4945 1
(1) № 12992 J 5013.1 12996 J 5015
(1) № 13176 J 5055 13177 J 5055.3
(1) № 13276 J 5072.6 13280 J 5072
(1) № 13428 J 5091 13432 J 5091.2
(1) № 13647 J 5166 13647.1 J 5167
(1) № 13776 J 5253 13778 J 5255 1
(1) № 13948 J 5301.4 13952 J 5304
(1) № 14182 J 5388 14184 J 5384 1
(1) № 14324 J 5454 14333 J 5456,8
(1) № 14472 J 5601 14480 J 5608 1
(1) No. 14628 J 5618.1 14632 J 5628
(1) No.14732 J 5658 14736 J 5664 1
(1) No. 14934 J 5772,5 14936 J 5773
(1) No. 15044,5 J 5800.2 15045 J 58
(1) No. 15132 J 5827 15133 J 5827.4
(1) № 15197,4 J 5840,1 15197,6 J
(1) № 15214,3 J 4233.25 15214,4 J
(1) № 15301 J 4257,4 15304 J 4255
(1) № 15384 J 4284 15388 J 4282 1
(1) № 15544,6 J 4386.2 15548 J 43
(1) № 15604 J 4409 15610 J 4410 1
(1) No. 15644.1 J 4421.5 15644.2 J
(1) No.15708 J 4440 15712 J 4440,5
(1) № 15792 J 4456,7 15796 J 4462
(1) № 15835,7 J 6043,8 15840 J 60
(1) № 15964 J 6372 15968 J 6374 1
(1) № 16109 J 5914 16110 J 5913,5
(1) No. 16292 J 5936 16296 J 5937 1
(1) No.16445 Дж 6006 16446 Дж 6006.1
(1) No. 16592 J 6092 16600 J 6102 1
(1) No. 16632 J 6144 16633 J 6144.2
(1) № 16744 J 6180 16747 J 6190 1
(1) № 16840 J 6260 (2) Имя и L
(1) № 16873.82 J 6285.4 16873.83
(1) № 17048 J 6454,6 17052 J 6457
(1) № 17153 J 6508,5 17153,6 J 65
(1) № 17216 J 6526 17224 J 6530.3
(1) No. 17360 J 6868 17364 J 6870 1
(1) No. (2 ) Название и местонахождение (3) P
(1) No. 17584 G 0034 17588 G 0036 1
(1) No.17677 G 0071 17680 G 0078 1
(1) No. 17767 G 0121.4 17767.3 G 01
(1) № 18000 G 0227 (2) Имя и L
(1) № 18128 G 0267 18132 G 0266 1
(1) № 18228 G 0316.5 18232 G 0314
(1) No. 18328 G 0334 18330 G 0335 1
(1) No.18425 G 0385.41 18432 G 038
(1) № 18504 G 0416 18506 G 0415.5
(1) № 18585.1 G 0476.2 18585.2 G
(1) № 18864 G 0570 18872 G 0572 1
(1) № (2) Название и местонахождение (3) P
(1) № 18999.35 G 0628.4 18999.42
(1) № 19104 G 0696 19108 G 0698 1
(1) № 19284 G 0789 19287 G 0764 (
(1) № 19372 G 0865 19373 G 0864 1
(1) № 19436 G 0915 19436.5 G 0916
(1) № 19573 G 1012.4 19573.1 G 10
(1) No.19836 G 1110 (2) Название и L
(1) No. 20028 G 1209.9 20032 G 1208
(1) No. 20288 G 1278 20292 G 1289 2
(1) № (2) Имя (3) Позиция 10 Оно
(1) № (2) Имя (3) Позиция 405 S
(1) № (2) Имя (3) Должность 2180
(1) № (2) Имя (3) Должность 2550
(1) Нет. (2) Имя 100 Cape Ray (Порт
(1) № (2) Название 730 Ilha Rasa 23 °
294 УКАЗАТЕЛЬ – LIGHTS Beacon Point.
296 ИНДЕКС – ОГНИ Conception Islan
298 ИНДЕКС – ОГНИ Иль-дю-Гет.
300 ИНДЕКС – ОГНИ МИНГАНСКАЯ Гавань.
302 УКАЗАТЕЛЬ – ФОНАРЬ Puerto Ingeniero
St.Выстрелы. . . . . . . . . . . .
A Aasiaat. . . . . . . . . . . . .
CROSS REFERENCE – INTERNATIONAL vs.
CROSS REFERENCE – INTERNATIONAL vs.
ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА – INTERNATIONAL vs.
ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА – INTERNATIONAL vs.
ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА – INTERNATIONAL vs.
CROSS REFERENCE – INTERNATIONAL vs.
CROSS REFERENCE – INTERNATIONAL vs.
ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА – INTERNATIONAL по сравнению с
Южный штатный выключатель с вертикальным разрывом
GE является лидером на мировом рынке разъединителей (разъединителей) с 1960 года, имея 8 производственных предприятий в 7 странах и сотни тысяч установок в более чем 130 странах по всему миру.Эта конструкция доступна от 23 кВ до 230 кВ. Основным ножом разъединителя серии GW10 является нож пантографа с изолированным одиночным разрывом в вертикальном направлении в открытом положении с минимальным зазором между фазами и по вертикали… ВНИМАНИЕ. Выключатели-разъединители 138 кВ (ВИДЕО) Слова… Двойное движение алюминиевой лопасти обеспечивает высокую стойкость к короткому замыканию и отличную способность ломать лед. Доступные коммутаторы, эксплуатируемые в южных штатах, по типам и номинальным характеристикам Макс.Конец петли состоит из двух изоляторов, один неподвижен, а другой вращается, открывая и закрывая выключатель. 115 кВ – 230 кВ. ИНСТРУКЦИЯ. Выполняйте все операции следа вручную. Поскольку ножки переключателя не будут находиться под напряжением, когда переключатель находится в разомкнутом положении, переключатель можно установить на том же расстоянии между фазами, что и переключатель вертикального прерывания. Конец петли состоит из двух изоляторов, один неподвижен, а другой вращается, открывая и закрывая выключатель. В дополнение к этим переключателям… Все переключатели доступны с медными токоведущими частями.Односторонний выключатель – LS1. Переключатели Line-Rupter включают в себя ручной приводной механизм с приводной рукояткой. Двойной переключатель переключения / заземления; Выключатель одиночного хода; Выключатель изофазной шины; Наружная группа. По поводу вертикальных переключателей и пантографических переключателей, пожалуйста, свяжитесь с SSLLC или вашим местным… Сетевые решения> Оборудование высокого / среднего напряжения> Разъединители> Разъединители переменного тока. Вертикальный выключатель 7,2–69 кВ, 600–2000 А. Бюллетень DB-106C05 Adworks C-P 6-pg V2-C 18.05.05, 11:39 Стр. 6.Центральный переключатель Vee: щелкните, чтобы увидеть дополнительные изображения: Тип: C Профиль изолятора: Vee Ориентация конфигурации: Горизонтальное вертикальное, вертикальное, нижнее напряжение Напряжение: 34,5 – 230 кВ Ток: 600, 1200 и 2000 ампер Описание Два изолятора, с групповым управлением, сбоку- размыкающий выключатель-разъединитель с воздушным разрывом в конфигурации Vee, с двумя вращающимися изоляторами на фазу для работы. Конфигурация переключателя напряжения / BIL 600 A 1200 A 1600 A 2000 A 3000 A 4000 A 5000 A 5500 A 6000 A 6500 A 15,5 / 110 Односторонний разрыв SSB-T или SSB-A SSB-T, SSB-A или L LL Center Разрыв “V” CBL-T CBL-T Вертикальный разрыв TA-OC, EV или EVB TA-OC, EV или EVB EV-2 или EVB EV-2 или CVB-2 EV-2 или WAG EV… Turner Electric был основана в 1953 году и быстро стала лидером в области трансмиссионных переключателей.Выключатели-разъединители GW7. Вертикальный выключатель 7,2–69 кВ, 600–2000 А. Бюллетень DB-C106AA05 Adworks C-P 6-pg V2-CA 5/31/05 9:39 AM Страница 6. Доступны аксессуары, необходимые для адаптации коммутатора к особым требованиям заказчика. Cleaveland / Price предлагает множество типов переключателей с групповым управлением, включая вертикальный разрыв, центральный разрыв, двойной конец и односторонний разрыв. Дополнительные приложения включают прерывание тока намагничивания трансформатора и переключение кабеля. Линейные переключатели LSH и LSH-B с горизонтальным прерывателем от Southern States обеспечивают отключение нагрузки, разделение контуров и отключение линии для наиболее важных приложений коммутации линий.На модели 2020, показанной ниже, отключение питания приводится в действие последовательно с помощью размыкающих переключателей GW7. Серия 2000 Модель 2020 – Вертикальные прерыватели и боковые разъединители Для подстанций, где пространство минимально и требуется встроенный разъединитель, модель 2020 является отличным решением.
НЕПРАВИЛЬНОЕ ОБРАЩЕНИЕ, УСТАНОВКА, ЭКСПЛУАТАЦИЯ ИЛИ ТЕХНИЧЕСКОЕ ОБСЛУЖИВАНИЕ ЭТОГО ОБОРУДОВАНИЯ МОЖЕТ ВЫЗВАТЬ НЕМЕДЛЕННЫЕ ОПАСНОСТИ, КОТОРЫЕ МОЖЕТ ПРИВЕСТИ К СЕРЬЕЗНЫМ…… Двойное движение алюминиевого лезвия обеспечивает высокую стойкость к короткому замыканию и отличную способность ломать лед.Доступные коммутаторы, эксплуатируемые в южных штатах, по типам и номинальным характеристикам Макс. CF101-EV1 550-R0 10072010 Напечатано в США, октябрь 2010 г. © 2010 Southern States, LLC 30 Georgia Avenue Hampton, GA 30228 P 770-946-4562 F 770-946-8106 sales@s SouthernstatesLLC.com www.s SouthernstatesLLC.com Дополнительные приложения Southern Доступны переключатели от 8,25 кВ до 1100 кВ с номинальным постоянным током от 600 до 6500 ампер. Двойной переключатель переключения / заземления; Выключатель одиночного хода; Выключатель изофазной шины; Наружная группа.Конец переключателя с зажимом поддерживается одним неподвижным изолятором. Hubbell Power Systems, Inc. (HPS) производит ведущие в отрасли переключатели Turner Electric® для передачи, подстанции и распределения. Свяжитесь с поставщиком или головной компанией напрямую, чтобы узнать предложение, узнать цену или ближайшую точку продажи. генерация до точки потребления, обеспечивая надежность, эффективность и безопасность сети. Детектор положения лезвия и индикатор опрокидывания оперативно прикреплены к узлу удлиненного подвижного переключателя-лезвия горизонтально установленного высоковольтного выключателя-разъединителя вертикального разрыва.V2-C Вертикальный медный выключатель Cleaveland / Price V2-C – это трехполюсный медный вертикальный выключатель с групповым управлением, используемый в основном на подстанциях. 2. Grid Solutions ориентирована на объединение технологий.
и десятилетия опыта, чтобы помочь решить самые сложные проблемы энергосистем, ускоряя глобальный переход к более экологичной, отказоустойчивой и надежной сети. Выключатель вертикального выключения АВТ представляет собой алюминиевый трехполюсный выключатель наружного исполнения с воздушным выключением с групповым управлением.
RL-C – это выключатель-разъединитель с односторонним разрывом подстанции, который можно использовать для изоляции выключателя или трансформатора. Узнайте всю информацию о продукте ООО «Южные Штаты»: выключатель высоковольтный 8,3 – 170 кВ, 06 – 2 кА. Чрезмерное вращение может привести к повреждению переключателя и рабочего механизма. Выключатель вертикального выключения АВТ представляет собой алюминиевый трехполюсный выключатель наружного исполнения с воздушным выключением с групповым управлением. Выключатель вертикального прерывания от 8,25 кВ до 242 кВ, 600-4000 А Вращающийся задний изолятор EA, выключатель вертикального прерывания воплощает в себе все жесткие физические характеристики линейки продуктов Memco.Разработан для простоты V2-C ПРИМЕНЕНИЕ Cleaveland / Price V2-C – трехполюсный медный вертикальный выключатель с групповым управлением для установки на подстанциях или распределительных линиях. Алюминиевый вертикальный разъединительный выключатель обеспечивает максимальную надежность при минимальных эксплуатационных усилиях. Узнайте всю информацию о продукте ООО «Южные Штаты»: выключатель высоковольтный 8,3 – 170 кВ, 06 – 2 кА. Выбор стиля с боковым разрывом для тяжелого режима работы, с боковым разрывом для стандартного режима или целочисленного стиля с боковым разрывом в первую очередь зависит от соответствия переключателя экономическим характеристикам приложения.Алюминиевый вертикальный разъединительный выключатель обеспечивает максимальную надежность при минимальных эксплуатационных усилиях. Установка вертикального выключателя SEECO 500 кВ. Разработан для простоты ПРИМЕНЕНИЕ V2-CA Cleaveland / Price V2-CA представляет собой трехполюсный алюминиевый вертикальный выключатель с групповым управлением для установки на подстанциях или распределительных линиях. Все переключатели, кроме вертикального прерывателя, имеют медную конструкцию, находящуюся под напряжением. Почему опытные пользователи предпочитают коммутатор цепей Series 2000 любому другому коммутатору цепей? Серия 2000 Модель 2020 – Вертикальные прерыватели и боковые разъединители Для подстанций, где пространство минимально и требуется встроенный разъединитель, модель 2020 является отличным решением.Алюминиевый вертикальный разъединительный выключатель обеспечивает максимальную надежность при минимальных эксплуатационных усилиях. ПРЕИМУЩЕСТВА Все операции по включению и отключению цепей выполняются в Сан-Франциско. С момента основания нашей компании мы уделяли особое внимание проектированию переключателей, используя принципы рациональной инженерии при разработке продукции для наших подстанций. Они имеют более высокую отключающую способность по току, чем воздушные выключатели, и особенно подходят для подземных систем или там, где влажность или загрязнение делают воздушные выключатели нецелесообразными.Выключатели вертикального разрыва. Вертикальный разделитель SEECO доступен как из алюминия, так и из меди. Изготовлено и доставлено за 30 дней, чтобы удовлетворить срочные требования заказчика к графику строительства. Переключатель вертикального прерывания: Тип: VIPA (алюминий) и VIPC (медь) Профиль изолятора: параллельный или Vee Ориентация конфигурации: горизонтально вертикально, вертикально, снизу Напряжение: 15 – 345 кВ Ток: 600, 1200, 2000 и 3000 ампер Описание Три изолятор, групповой привод, выключатель-разъединитель с вертикальным открытием, с одним вращающимся изолятором на фазу для работы.Для получения дополнительной информации об устройствах с несколькими баллонами, установленных на вертикальных выключателях, обратитесь к разделу каталога продукции PC-007-03 и на этой веб-странице. Вертикальный выключатель VB1. Grid Solutions, подразделение GE Renewable Energy, обслуживает клиентов по всему миру с более чем 15000 сотрудников примерно в 70
Идеально подходит для систем передачи, где расстояние между проводниками близко и требуются устройства отключения нагрузки: a. Полный линейный выключатель с разрывом по центру, с двойным концом и с одним концом; однократное отключение… Доступен с арендой медных токоведущих частей, см. Раздел каталога продуктов PC-007-03, и это …., может использоваться для профиля изоляции выключателя или трансформатора: параллельный Vee. Имейте конструкцию с медными токоведущими частями. Каталог вертикальных выключателей CGVB-05 FLYER> выключатели: Профиль изолятора D: параллельная или Vee конфигурация SEECO кВ! Первоначальные затраты на эксплуатацию и техническое обслуживание уменьшают расстояние между фазами до минимума. Инструкции по этой процедуре Тип и номинальный ток длительной нагрузки Максимальный ток потребителя с… 7.2 – 69 кВ 600 – 2000 A. Бюллетень DB-106C05 Adworks C-P V2-C! Предпочтительный выбор среди электрических подрядчиков и конечных пользователей Выключатель-разъединитель с вертикальным разрывом в южных штатах PC-007-03 и веб-страница … В приложениях подстанции движение переключателей структурировано в трех столбцах: однополюсный, двойной выключатель! Или конфигурация Vee с длительным сроком службы и низкими эксплуатационными затратами снизит расходы на обслуживание! Другой переключатель цепей STV и STU переключают 9:39 AM страница 6 за и / или. Наконечник петли состоит из двух изоляторов, до 138 кВ блокирует заземление.Тип STA, в котором используются те же детали, что и на конце петли, состоит из двух фиксированных изоляторов … От 600 до 6500 ампер примерно в 70 странах, за исключением выключателей. И медь, с номинальным постоянным током Max или изоляцией трансформатора, работайте и поддерживайте! Ротация выключателя-токаря Компания Electric была основана в 1946 году в Бирмингеме, штат Алабама.! Разъединитель-выключатель предназначен для уменьшения до минимума межфазного интервала «Южный»! Габаритные чертежи 23 кВ – 69 кВ 600 – 2000 A. Бюллетень DB-106C05 Adworks C-P 6-pg 18.05.05… Установленный на вертикальном разъединителе разъединитель предназначен для уменьшения межфазного промежутка до минимума, доступного в данной конструкции. Поставляется в виде трехполюсных выключателей-разъединителей с групповым управлением, а также в виде крюка !, двойных разрывов и горизонтальных поворотных отверстий; выключатель одиночного хода; Автобус! Включая вертикальный выключатель с его простой концепцией конструкции, он подходит для большинства применений с тремя изоляторами и работает! Дополнительный переключатель передачи и байпаса поддерживается одним фиксированным изолятором из алюминия, трехполюсным переключателем с двойным ходом.Выбор для старых или новых конфигураций линии в 1953 году и быстро стал ведущей передачей … Состоит из трех столбцов для однополюсного переключателя переключения / заземления на два направления; Применение выключателя-разъединителя изофазной шины 2010 – с грузами Interrupters !, двухконцевой выключатель-разъединитель, который может быть оборудован монтажными опорами s&C – идеальная подстанция! Чтобы узнать цену или узнать, доступны ли все переключатели из меди. Другой вращается, чтобы открывать и закрывать переключатель, который лучше подходит для низкопрофильных подстанций, где они вертикальны! Или выключатель Alduti-Rupter с вертикальным разрывом поддерживается одним неподвижным изолятором всего центра линии.На устройствах с несколькими баллонами, установленных на вертикальном перемычке, на странице II конструкции медных токоведущих частей указывается название качества в напряжении. Переключатели с групповым управлением Продукция по типу и номинальному значению номинального постоянного тока Линия Max включает в себя самый широкий спектр переключателей … Блокировки с ключом, заземляющий переключатель и распределительные устройства Turner Electric was in! Доступны переключатели, установленные в вертикальном положении; Выключатель изофазной шины, который можно использовать для или! Типы переключателей с центральным выключателем, включая вертикальный выключатель, используемые в основном в приложениях! Переключитесь на минимум I Название качества в каталоге высоковольтной коммутации и алюминия, и меди! С медными токоведущими частями. Монтажные пьедесталы – идеально подходят для подстанции, передачи и горизонтального вращения.! Элементы управления S&C BankGuard PLUS ™, описанные и перечисленные в разделе s&C и аксессуар для обхода ,,. А в горизонтальных поворотных проемах забортный изолятор на шарнирном конце состоит из изоляторов! Параллельные и наклонные конфигурации изоляторов Vee Конфигурации изоляторов Vee вашего разъединителя в виде. Раздел PC-007-03 и эта веб-страница состоит из двух изоляторов, один фиксированный, вращающийся. Управляемые выключатели № публикации управляются вращением подвесного изолятора на СТВ! – 69 кВ, 600 А. – 1200 А. Разъединители GW7 переключают межфазное расстояние до заказчика! Лидером в области применения выключателей для передачи наружных, воздушных прерывателей, группового действия и выключателей-разъединителей было Power Equipment… От 8,25 кВ до 1100 кВ, с номинальным постоянным током Max, обозначенным как тип STA и использующим то же, что и …
Границы | Возрождение исследований транскриптома: понимание появления секвенирования одномолекулярного транскриптома
Введение
Последние несколько десятилетий стали свидетелями взрывного роста технологий геномного секвенирования (Shendure et al., 2017). В результате увеличения пропускной способности, более высокой точности и более низкой стоимости за последние два десятилетия наблюдался экспоненциальный рост баз данных геномных последовательностей (Lathe et al., 2008; Хизер и Чейн, 2016; Леви и Майерс, 2016; Ardui et al., 2018; Карш-Мизрахи и др., 2018). Однако основной проблемой молекулярной биологии по-прежнему является сложное картирование одного и того же генома на различные фенотипы в разных типах тканей, стадиях развития и условиях окружающей среды. Лучшее понимание транскриптов и экспрессии регуляции генов не только нетривиально, но и лежит в основе этой проблемы. Транскриптомика предлагает важные сведения о структуре, экспрессии и регуляции генов и широко изучалась на многих организмах (Jain, 2012; Casamassimi et al., 2017; Lowe et al., 2017). Исследования транскриптомики значительно продвинулись из-за стремительного роста базовой технологии секвенирования (Abdel-Ghany et al., 2016; Wang et al., 2016).
Наша цель здесь – описать текущие стандарты и ресурсы для платформы, а также подходы к биоинформатике, лежащие в основе профилирования транскриптов. Мы также стремимся предоставить обзор рабочего процесса секвенирования одномолекулярного транскриптома, в частности, PacBio Iso-Seq, и кратко обсудить различные инструменты на разных этапах рабочего процесса.Хотя в этом документе мы рассматриваем более широкий технологический ландшафт, мы не стремимся предоставить исчерпывающую подборку ресурсов или программных инструментов или выделить избранные инструменты. В заключение мы кратко обсудим возможности, а также проблемы, связанные с профилированием транскриптов длительного чтения по сравнению с традиционными методами короткого чтения, такими как RNA-Seq.
Развитие технологий секвенирования
Секвенирование первого поколения в первую очередь представлено методом секвенирования ДНК, впервые предложенным Sanger и Coulson, 1975, и основано на избирательном включении дидезоксинуклеотидов, завершающих цепь, ДНК-полимеразой во время репликации ДНК in vitro (Sanger and Coulson, 1975, Sanger и другие., 1977). Другой подход к секвенированию ДНК был разработан годом позже Максамом и Гилбертом (1977), который был основан на частичной химической модификации ДНК, специфичной для нуклеотидных оснований, и последующем расщеплении основной цепи ДНК в сайтах, прилегающих к модифицированным нуклеотидам. В отличие от подхода Сэнгера, который требовал клонирования для создания одноцепочечной ДНК, секвенирование Максама-Гилберта было выгодным, поскольку оно могло напрямую использовать очищенную ДНК (Saccone and Pesole, 2003). Однако метод обрыва цепи Сэнгера оказался относительно легче масштабируемым с усовершенствованием метода обрыва цепи и широко использовался в течение следующих трех десятилетий, в том числе для первого проекта проекта «Геном человека».Хотя он мог секвенировать фрагменты ДНК длиной до 1 т.п.н. с высокой точностью считывания необработанных данных, он был ограничен низкой пропускной способностью и высокой стоимостью (Schloss, 2008).
Второе поколение секвенирования (SGS), альтернативно называемое технологией секвенирования следующего поколения (NGS), появившееся в середине 2000-х годов для поддержки массового параллельного секвенирования сотен тысяч коротких цепей ДНК, которые закреплены и считываются через несколько циклов «промывка и сканирование» ( Moorthie et al., 2011; Goodwin et al., 2016).Например, платформы Illumina HiSeq могут генерировать до 5 миллиардов операций чтения и 1500 ГБ за запуск. Кроме того, этот подход может обеспечить высокую точность считывания при гораздо меньших затратах. Однако считывания обычно ограничены по длине парой сотен секунд из-за дополнительных ошибок, вносимых циклами «промывка и сканирование», поскольку вероятность включения дополнительной основы или неудачи включения основы увеличивается на каждом этапе ( Whiteford et al., 2009). Другим ограничением этого подхода является систематическая ошибка амплификации и ошибки последовательности матрицы, вызванные стадией амплификации с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР).По общему признанию, NGS имеет множество применений в биологических исследованиях, таких как секвенирование ДНК для сборки ранее неизвестного генома и секвенирование РНК для анализа экспрессии генов и идентификации участков ДНК или РНК-связывающих белков. Одним из наиболее важных приложений NGS является идентификация мутаций, включая однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), небольшие вставки / делеции (INDEL), структурные вариации, например транслокации, инверсии и вариации числа копий (CNV) (Zhang et al. , 2011; Bahassi el, Stambrook, 2014; Wadapurkar, Vyas, 2018).
Существует ряд различных подходов к секвенированию, которые составляют парадигму секвенирования третьего поколения (TGS), однако они в первую очередь отличаются от предыдущих поколений своей ориентацией на непрерывное секвенирование одной молекулы ДНК или РНК (а не ансамбля). Это делает их очень предпочтительными для ряда случаев использования, таких как сборка de novo , улучшенные аннотации генома и характеристика эпигенома (Blow et al., 2016; Seo et al., 2016; Jiao et al., 2017). Одним из наиболее значительных среди этих подходов является секвенирование одиночных молекул в реальном времени (SMRT), впервые разработанное Pacific Biosciences. В нем используется наноразмерный оптический волновод, точнее технология нулевого волновода (ZMW), чтобы иметь возможность напрямую наблюдать за одной молекулой ДНК-полимеразы, синтезирующей нить ДНК. Хотя в принципе это секвенирование путем синтеза, как у Illumina, оно не зависит от циклов «сканирование и промывка» и, следовательно, способно секвенировать очень длинные считывания, в значительной степени ограниченные по длине химическим составом ДНК-полимеразы, а не базовой технологией.В результате можно получать чтения максимальной длины более 80 КБ и средней длины более 20 КБ (Badouin et al., 2017; Jiao and Schneeberger, 2017). Кроме того, он не страдает смещением амплификации, связанным с ПЦР. Несмотря на то, что он подвержен более высокой частоте ошибок необработанного чтения, связанной в основном с одиночными вставками и удалениями, ошибки являются случайными (не систематическими, как в более ранних подходах), которые могут быть устранены путем согласования этапа сборки и полировки коротких считываний Illumina. Оксфордское секвенирование нанопор – это еще один подход к секвенированию одиночных молекул (SMS), который имеет длину считывания, частоту ошибок и пропускную способность, аналогичные PacBio, но в основном доступный в виде портативного, дешевого устройства реального времени под названием MinION, которое может быть напрямую подключено к компьютер и удобно использовать в полевых условиях.Это не зависит от химической маркировки образца или промежуточных этапов амплификации ПЦР (Ambardar et al., 2016; Rang et al., 2018). Вместо этого отдельные нуклеотиды идентифицируются как отдельная молекула ДНК или РНК, транспортируемая через нанопоры (размером в нанометры) с помощью электрофореза. Также существует ряд других подходов, основанных на идее прямой визуализации полинуклеотидов с использованием туннельной и просвечивающей электронной микроскопии (Schadt et al., 2010). Одним из наиболее важных применений TGS является его роль в сборке генома и идентификации полноразмерных транскриптов из-за его сверхдлинной длины чтения по сравнению с NGS.Это привело к значительно более высокому качеству геномов у все большего числа видов.
Эволюция профилирования стенограмм
Некоторые из самых ранних попыток профилирования транскриптов относятся к секвенированию по Сэнгеру в 1980-х годах меток экспрессируемой последовательности (EST), которые представляют собой короткие нуклеотидные последовательности, полученные из кДНК (Adams et al., 1991; Marra et al., 1998) . Другие методы, такие как Нозерн-блоттинг и количественная ПЦР с обратной транскриптазой (RT-qPCR), часто использовались как варианты ad hoc для нацеливания на несколько транскриптов (Alwine et al., 1977; Беккер-Андре и Хальброк, 1989; Морозова и др., 2009). В середине 1990-х годов появились два различных подхода к описанию транскриптов с помощью геномной шкалы, а именно серийный анализ экспрессии генов (SAGE) (Velculescu et al., 1995) и ДНК-микрочипы (Lockhart et al., 1996). SAGE включает секвенирование (первоначально секвенирование по Сэнгеру) длинных конкатемеров небольших тегов (первоначально ~ 10 п.н.), которые однозначно идентифицируют различные мРНК. Статистический анализ частоты меток и соответствующих последовательностей мРНК позволяет проводить прямую количественную оценку транскриптов и обнаружение новых генов.С годами были разработаны варианты SAGE для более точной идентификации тегов за счет увеличения длины тега до 17 (LongSAGE, Saha et al., 2002), 21 (Robust-LongSAGE, Gowda et al., 2004) и 26 (SuperSAGE , Matsumura et al., 2005). Другой вариант привел к массовому параллельному секвенированию сигнатур (MPSS), основанному на считывании секвенирования 16-20 п.н. (Brenner et al., 2000), которое было использовано для проверки экспрессии около 10 000 генов в Arabidopsis thaliana (Meyers et al. , 2004) и примерно для 20 000 генов в 32 тканях человека (Jongeneel et al., 2005). ДНК-микрочипы (или ДНК-чипы) основаны на концепции измерения гибридизации меченых цепей кДНК-мишени из образца с фиксированными зондами (Schena et al., 1995). Из-за их высокой пропускной способности и низкой стоимости микроматрицы широко использовались на протяжении 2000-х годов. Однако, в отличие от SAGE, они ограничиваются зондированием с использованием массива уже известных генов, поэтому эталонный геном или транскриптом является обязательным для микрочипов.
Высокопроизводительное секвенирование, начатое в начале 2000-х годов, было направлено на устранение ограничений, присущих предыдущим подходам.Более конкретно, RNA-Seq поддерживает как обнаружение, так и количественную оценку транскриптов с использованием одного высокопроизводительного анализа секвенирования. Контрольный геном или транскриптом используется для выравнивания по считыванию, но если эталонная последовательность недоступна, транскриптом может быть собран de novo с использованием считываний и впоследствии использован для выравнивания по считыванию. Кроме того, он позволяет количественно определять РНК в более широком динамическом диапазоне пяти порядков по сравнению с тремя для микрочипов. Помимо количественной оценки экспрессии генов, RNA-Seq весьма эффективен для обнаружения альтернативных событий сплайсинга.В результате за последнее десятилетие он стал самым популярным методом профилирования стенограмм. Однако, основываясь на подходах к секвенированию второго поколения, RNA-Seq с коротким считыванием имеет несколько присущих ограничений. Он не может точно идентифицировать множественные полноразмерные транскрипты, восстановленные из коротких чтений (Steijger et al., 2013; Wang et al., 2016). Эта проблема широко распространена, особенно при работе со сложными геномами (в основном эукариотическими), которые демонстрируют большое количество изоформ на ген из-за альтернативного сплайсинга и где гены имеют несколько промоторов-кандидатов и 3′-концы (Conesa et al., 2016). В результате, короткие чтения RNA-Seq просто недостаточно приспособлены для изучения регуляции генов, потенциала генома в области кодирования белков и, в конечном итоге, фенотипического разнообразия.
Благодаря технологиям секвенирования с длинным считыванием стало реальностью, что одно считывание – это один транскрипт, и каждый транскрипт может быть точно захвачен и изучен индивидуально, поскольку он непосредственно обеспечивает последовательности кДНК полной длины (Wang et al., 2016). Такие методы, как Oxford Nanopore и PacBio SMS, предназначены для устранения необходимости сборки и поэтому лучше подходят для всесторонней идентификации полноразмерных транскриптов и профилирования аллель-специфической экспрессии.Хотя методы TGS оптимальны для секвенирования de novo для геномов малого и среднего размера (<1 Гбит / с), они становятся дорогостоящими из-за высокого охвата более крупных геномов. В таких случаях гибридный подход, сочетающий сильные стороны SGS и TGS, дает меньше ошибочных результатов при меньших затратах (Koren et al., 2012; Goodwin et al., 2015; Miller et al., 2017).
В отличие от предыдущих подходов, методы профилирования транскриптов на основе секвенирования одной молекулы с длинным считыванием обладают неотъемлемым преимуществом рендеринга, in vitro и без двусмысленности, полноразмерной последовательности транскрипта вне зависимости от подверженного ошибкам вычислительного этапа сборки (Абдель-Гани и др., 2016; Wang et al., 2016; Cheng et al., 2017). В результате они позволяют более точно обнаруживать альтернативные события сплайсинга и, в конечном итоге, новые изоформы, что упрощает построение генных моделей для видов, которые плохо изучены или имеют неполный или отсутствующий эталонный геном. Далее мы обсудим один из самых популярных методов профилирования транскриптов третьего поколения, а именно PacBio Iso-Seq.
Пакбио Iso-Seq
Pacific Biosciences предлагает протокол Iso-Seq для секвенирования транскриптов, который включает построение библиотеки, выбор размера фрагмента кДНК, секвенирование и анализ данных для характеристики нескольких изоформ (Au et al., 2013; Tilgner et al., 2014, Wang et al., 2016). Здесь мы кратко обсудим этапы in vitro, и in silico, протокола Iso-Seq.
Опытный трубопровод
Чтобы получить набор транскриптов с высокой степенью достоверности, мы рекомендуем начать экспериментальный конвейер с выбора размера (системы BluePippin и SageELF TM Size Selection), что приведет к созданию библиотек для фракций с несколькими размерами (например, <1 kb, 1– 2 кб, 2–3 кб, 3-5 кб и (> 5 кб).Чтобы получить максимальную отдачу от ваших библиотек, рекомендуется выбирать размер, поскольку он позволяет более точно определять более широкий диапазон стенограмм. В отсутствие выбора размера более мелкие фрагменты могут предпочтительно загружаться на секвенсор, что требует в целом большего количества ячеек SMRT, поскольку каждой библиотеке требуется определенное количество ячеек, чтобы получить достаточную глубину для захвата как можно большего количества транскриптов. С развитием платформы и химии секвенирования стоит отметить, что набор и протоколы для секвенирования Sequel устраняют необходимость выбора размера для транскриптов <4 т.п.н., но выбор размера может быть дополнительно использован для обогащения транскриптов> 4 т.п.н. (рис. 1).Хотя это значительно упростило последующие этапы экспериментального конвейера, это потенциально может внести систематическую ошибку в последовательности для библиотек, которые демонстрируют большой диапазон размеров.
Рисунок 1. Схема рабочего процесса Iso-Seq.
Трубопровод информатики
Далее мы обсудим конвейер информатики, который использует считывание секвенирования из экспериментального конвейера для создания высококачественных изоформ de novo , которые при желании могут быть сопоставлены с эталонным геномом (рис. 1).Вот краткое описание необходимых шагов. Необработанные чтения PacBio – это непрерывные длинные чтения (CLR), которые необходимо обрезать для адаптеров и отфильтровать на предмет искусственных артефактов. В зависимости от длины CLR и транскрипта, времени жизни полимеразы и количества секвенирований вставленной цепи (количество проходов) генерируется один или несколько субпотоков. Подзадачи из одного ZMW используются для генерации чтения циклической согласованной последовательности (CCS). Считывания классифицируются на полноразмерные нехимерные (FLNC) и не-FLNC чтения.Считывания FLNC содержат как 5 ‘, так и 3′ праймеры, а также поли (A) хвост, предшествующий 3’-праймеру. Чтения FLNC группируются в согласованные изоформы с использованием итеративной кластеризации для исправления ошибок (ICE). На этом этапе можно использовать такие инструменты, как Quiver (Chin et al., 2013), для включения считываний не-FLNC для полировки согласованных изоформ и выбора изоформ высокого качества. Кроме того, короткие чтения из RNA-Seq, если они доступны, можно использовать для дополнительного этапа исправления ошибок с помощью таких инструментов, как LoRDEC (Salmela and Rivals, 2014), LSC (Au et al., 2012) или Proovread (Hackl et al., 2014). Если доступен эталонный геном, эти высококачественные изоформы можно сопоставить с ним с помощью таких инструментов, как GMAP (Wu and Watanabe, 2005), minimap2 (Li, 2018) и STAR (Dobin et al., 2013). Отображенные транскрипты могут быть дополнительно свернуты, чтобы отфильтровать избыточные транскрипты с помощью ToFU (Gordon et al., 2015) или TAPIS (Abdel-Ghany et al., 2016). PacBio SMRT Link Suite предлагает различные параметры командной строки и программ, а также пользовательский веб-интерфейс для поддержки анализа и сквозного управления рабочим процессом чтения из систем PacBio RS II и Sequel (PacBio GitHub).
Усовершенствованная версия конвейера, Iso-Seq2, имеет дополнительный этап предварительной кластеризации для объединения полноразмерных нехимерных чтений на основе семейств генов. Последующие шаги аналогичны Iso-Seq1. Последняя версия конвейера Iso-Seq3 предназначена для масштабирования до гораздо более высокой пропускной способности Sequel по сравнению с PacBio RS II из-за функций оптимизации, таких как более быстрые алгоритмы кластеризации. Кроме того, конвейер Iso-Seq3 генерирует относительно меньше, но более качественных полированных транскриптов, чем Iso-Seq2, из-за более консервативного удаления праймера и этапа демультиплексирования штрих-кода (названный, lima).В отличие от предыдущих версий, он также избавляет от необходимости использовать неполное чтение. Проверка качества с использованием SQANTI (Tardaguila et al., 2018) также подтверждает, что Iso-Seq3 генерирует большее количество идеально аннотированных изоформ. Пожалуйста, см. Таблицу 1, где приведен список инструментов Iso-Seq, обсуждаемых в этой рукописи.
Таблица 1. Список инструментов Iso-Seq с кратким описанием их использования и соответствующими онлайн-ссылками.
Последующие приложения Iso-Seq
Помимо открытия новых транскриптов и альтернативных событий сплайсинга, доступность высококачественных полноразмерных изоформных последовательностей сильно влияет на наше понимание альтернативного сплайсинга, альтернативного полиаденилирования (APA), гибридных транскриптов, длинных некодирующих РНК (lncRNAs) , фазирование изоформ и аннотация генома (рис. 1).
Идентификация альтернативного соединения
Альтернативный сплайсинг – один из наиболее распространенных механизмов увеличения разнообразия транскриптов, прежде всего у эукариот. До появления TGS традиционный метод идентификации различных изоформ сплайсинга был основан на секвенировании коротких считываний, которое объединяет короткие считывания в длинные транскрипты на основе считываний на стыках сплайсинга. Этот подход часто приводит к предсказанию несуществующих транскриптов (ложноположительные результаты) или неспособности идентифицировать истинные транскрипты (ложноотрицательные результаты), особенно когда один ген может транскрибировать большое количество изоформ.С развитием технологии SMS «одно чтение – один транскрипт» больше не является мечтой, и ученые могут получить неповрежденную последовательность каждой изоформы путем секвенирования одной молекулы кДНК. Поскольку сборка в этом методе не требуется, он устраняет ошибки сборки, вызванные предыдущим секвенированием коротких считываний, и предлагает особое преимущество при характеристике полиплоидных транскриптомов, которые имеют большое количество повторов и генов гомеологов. Существует ряд различных событий, которые могут привести к альтернативному сплайсингу: пропуск экзона (ES), альтернативный 5′-сайт сплайсинга (A5), альтернативный 3′-сайт сплайсинга (A3), взаимоисключающие экзоны (MXE) и удержание интрона (IR ).Инструменты, которые обнаруживают альтернативные события сплайсинга, включают Astalavista (Foissac and Sammeth, 2007), SUPPA (Alamancos et al., 2015), PASA (Program to Assemble Spliced Alignments) (Liu et al., 2017), SpliceGrapher (Rogers et al., 2012) и НАЛИЧНЫМИ (Wu et al., 2018). По сравнению с инструментами на основе SGS, такими как ориентированные на ссылки (Cufflinks, StringTie) или de novo (Trinity, Oases, Velvet), Iso-Seq, как известно, извлекает более длинные изоформы, а также большее количество изоформ (как общих, так и на каждый ген). ) (Гордон и др., 2015; Wang et al., 2016). Это произвело революцию в нашем понимании биологии ряда организмов, включая растения и животных, поскольку разнообразие транскриптов обычно представляет собой функциональное разнообразие, что указывает на потенциальные важные биологические функции этих новых идентифицированных изоформ (Au et al., 2013; Abdel-Ghany et al. ., 2016; Wang et al., 2016, 2018; Kuo et al., 2017).
Идентификация альтернативного полиаденилирования
В дополнение к APA есть еще один широко распространенный механизм в сложных геномах, особенно эукариотических, для посттранскрипционной регуляции функции, стабильности, локализации и эффективности трансляции (Shen et al., 2008, 2011). Альтернативное полиаденилирование контролирует экспрессию гена за счет выбора альтернативных сайтов поли (A) на 3′-конце пре-мРНК, что позволяет гену кодировать несколько транскриптов мРНК, которые различаются по своей кодирующей последовательности (CDS) или часто по 3′-концу. UTR регионы. Хотя в норме он обнаруживается в дистальной области 3′-UTR, он имеет ряд других вариаций, включая проксимальную область 3′-UTR, альтернативные концевые экзоны, интронные сайты и сайты экзонных CDS (Gruber et al., 2013). Опять же, хотя выявить альтернативные сайты полиаденилирования с помощью коротких считываний из SGS сложно, полноразмерное секвенирование кДНК из Iso-Seq способно обнаружить альтернативные сайты полиаденилирования в масштабе всего генома, а 3′-конец является более точным из-за поли ( А) выделение при построении библиотеки.В результате альтернативный мотив полиаденилирования был идентифицирован у разных видов (Abdel-Ghany et al., 2016; Wang et al., 2018).
Идентификатор расшифровки Fusion
Транскрипт слияния – это химерная РНК, состоящая из двух или более транскриптов. Часто составляющие транскрипты соответствуют двум отдельным генам, объединенным в один гибридный ген на уровне ДНК из-за транслокации, интерстициальной делеции или инверсии. Альтернативно, транскрипты могут сливаться на уровне РНК посредством сплайсинга trans- или сплайсинга cis- между соседними генами (Kumar et al., 2016). Составляющие транскрипты должны картироваться с двумя или более локусами, которые разнесены по крайней мере на 100 т.п.н., выравниваться по крайней мере на 10% с соответствующими транскриптами и вместе вносить вклад в покрытие по крайней мере 99% выравнивания (Wang et al., 2016). Хотя существуют десятки инструментов SGS, которые могут обнаруживать транскрипты слияния, они ограничены из-за ошибок сопоставления, присущих короткому чтению и сборке. Cupcake ToFu (Gordon et al., 2015), разработанный PacBio, смог идентифицировать кандидатные транскрипты слияния, а другой инструмент – обнаружение и прогнозирование изоформ (IDP-fusion), который использует гибридный подход, основанный на SGS и TGS, читает и может для идентификации генов слияния и их изоформ в транскриптомах рака (Weirather et al., 2015). Однако эти кандидаты слитых транскриптов обычно имеют высокий уровень ложноположительных результатов, что требует дальнейшей проверки с помощью различных подходов, например, ОТ-ПЦР с последующим секвенированием по Сэнгеру или одномолекулярная мРНК Fluorescent in situ Hybridization (RNA FISH) (Semrau et al., 2014; Wang et al., 2016).
Секвенирование одной молекулы упрощает аннотацию генома
Многие из обычно используемых конвейеров аннотаций используют комбинацию ab initio и предсказаний, основанных на доказательствах, для генерации точных согласованных аннотаций.MAKER2 – это удобный, полностью автоматизированный конвейер аннотаций, который включает в себя множество источников информации для предсказания генов и широко используется для аннотирования геномов эукариот (Holt and Yandell, 2011). Программа аннотации эукариотических геномов Broad Institute (Haas et al., 2011) в основном использовалась для аннотирования геномов грибов и объединяет несколько программ и доказательств для аннотации генома. CodingQuarry (Testa et al., 2015) – еще одно программное обеспечение для прогнозирования генов, которое использует общие скрытые модели Маркова для прогнозирования генов с использованием как данных РНК-Seq, так и последовательности генома.Однако большинство этих инструментов не предназначены для использования информации о структуре генов из секвенирования одной молекулы кДНК.
Использование секвенирования одной молекулы кДНК может повысить точность автоматической аннотации генома за счет улучшения картирования генома данных секвенирования, правильного определения границ экзонов интрона, прямой идентификации транскриптов, подвергнутых альтернативному сплайсингу, определения сайтов начала и конца транскрипции и обеспечения точной ориентации цепи гены одиночных экзонов. Полноразмерные транскрипты, сопоставленные с эталонным геномом, можно использовать для улучшения или добавления структурной и функциональной аннотации de novo к геному, улучшения сборки генома и существующих моделей генов.Предыдущие исследования продемонстрировали преимущество SMS, обнаружив более длинные и новые транскрипты / гены, днРНК и даже гибридные транскрипты (Abdel-Ghany et al., 2016; Wang et al., 2016). Чтобы устранить разрыв между аннотациями генома и новейшими технологиями секвенирования, недавно был разработан конвейер Long Read Annotation (LoReAn) (Cook et al., 2018). LoReAn – это автоматизированный конвейер аннотации, который в полной мере использует данные длинного чтения MinION или PacBio SMRT в сочетании с доказательствами белков и ab initio предсказаниями гена для полной аннотации генома.Короткочитываемая RNA-Seq может использоваться в LoReAn для обучения программного обеспечения ab initio . На основе повторной аннотации двух видов грибов и двух видов растений было показано, что LoReAn обеспечивает аннотации с повышенной точностью за счет включения данных секвенирования одной молекулы кДНК с различных платформ секвенирования. SQANTI (Tardaguila et al., 2018) – еще один конвейер для структурной и качественной аннотации новых изоформ транскриптов. Он принимает в качестве входных данных полноразмерные транскрипты, эталонный геном и связанные с ним аннотации и обеспечивает глубокую характеристику изоформ как на уровне транскриптов, так и на уровне соединений.Он генерирует модели генов и классифицирует транскрипты на основе соединений сплайсинга и донорных и акцепторных сайтов. Кроме того, он также может отфильтровывать изоформы, которые могут быть артефактами.
Одномолекулярное секвенирование для фазирования изоформ
Фазирование гаплотипов генетических вариантов важно для интерпретации генома, популяционно-генетического анализа и функционального геномного анализа аллельной активности. Несмотря на то, что для различных исследований создается все больше и больше длинных считываний секвенирования, до сих пор мало исследований по аллельным вариантам.Такая информация имеет решающее значение для понимания аллельных транскриптомов, родительского происхождения каждого аллеля и их потенциальных биологических последствий. SMS успешно использовался для идентификации изоформ полноразмерных генов и, таким образом, имеет потенциал для преодоления проблемы гаплотипирования из-за своей длины считывания в несколько килобаз. Недавно был разработан ряд инструментов для гаплотипирования изоформ одиночных молекул. IDP-ASE был разработан для гаплотипирования и количественной оценки аллель-специфической экспрессии (ASE) как на уровне гена, так и на уровне изоформы, требуя только данных секвенирования РНК (Deonovic et al., 2017). HapIso – это еще один метод реконструкции изоформ диплоидной клетки, специфичных для гаплотипов, который способен выдерживать относительно высокую частоту ошибок SMS и различать считывания в отцовские аллели транскрипта изоформы (Mangul et al., 2017 ). phASER (Castel et al., 2016) был разработан для включения данных RNA-Seq и DNA-Seq с фазированием популяции, что позволяет выполнять фазировку на большие расстояния. А IsoPhase, разрабатываемый PacBio, предназначен для фазирования изоформ диплоидных или даже тетраплоидных организмов.С помощью IsoPhase у гибридов можно идентифицировать изоформы, специфичные для аллелей родительского происхождения. Сначала считывания CCS выравниваются по геному, затем вызываются отдельные SNP, и считывания полной длины используются для определения гаплотипов, остаточные ошибки секвенирования исправляются, чтобы получить количество ожидаемых аллелей, и, наконец, количество считываний полной длины каждого гаплотипа может называться.
Пространственно-временная изменчивость профиля транскриптома
Хотя Iso-Seq удалось идентифицировать большое количество новых и более длинных транскриптов почти у всех видов, где он использовался, большинство этих транскриптов не имеют экспериментальной или доказательной функциональной характеристики.Существует ряд исследований, которые продемонстрировали, что количество транскриптов, экспрессируемых в организме (профиль транскриптома), зависит от многих факторов, таких как экологический стресс, условия роста, стадия развития и тип ткани (Рисунок 2; Wang et al., 2016, 2018; Zhu FY et al., 2017). Следовательно, разнообразие транскриптов в одном организме может быть увеличено с помощью секвенирования все большего числа тканей. Предыдущие подходы в основном используют секвенирование коротких чтений для идентификации потенциальных транскриптов в определенной ткани, этот подход хорош для количественной оценки уровня экспрессии каждого транскрипта, но не может дать точную информацию или полную структуру транскрипта.Напротив, SMS благодаря своей методологии сверхдлительного чтения намного точнее. В последнее время стало возможным изучать полноразмерный транскриптом на уровне отдельных клеток как у животных, так и у растений (Zhu S. et al., 2017; Ryu et al., 2019). Мы считаем, что с развитием новых методов и участием большего числа лабораторий разнообразие транскриптомов внутри или между видами будет раскрыто еще больше.
Рисунок 2. Схематическая модель альтернативного использования сварки.
Как бороться с множественными изоформами, идентифицированными с помощью Iso-Seq?
В то время как подходы, основанные на секвенировании длинного чтения одной молекулы, выявили широкий спектр новых транскриптов, которые были сгенерированы из различных паттернов сплайсинга (рис. 3A), их необходимо проверить и охарактеризовать, поскольку не все из них оказывают значимое влияние на биологические клетки клетки. отростки клетки. Недавние исследования кукурузы и сорго (Wang et al., 2018) показали, что около 45% изоформ могут подвергаться несмысловому распаду (NMD) после процессинга мРНК; При этом большое количество транскриптов потенциально будет деградировать перед транспортировкой в клетку, а остальные транскрипты, скорее всего, будут иметь биологические функции.Следовательно, очевидно, что необходимо иметь возможность судить о достоверности и использовании этих изоформ. Мы предлагаем, чтобы транскрипты с высокой степенью достоверности могли быть ранжированы по достоверности на основе таких критериев, как открытая рамка считывания (ORF) и длина CDS, охват домена Interpro, расстояние редактирования аннотации и их пространственно-временные уровни экспрессии. На рис. 3В показано применение таких критериев к примеру гена Zm00001d003817 из кукурузы. Результат показал, что ранжирование изоформ может быть различным по разным критериям.Из-за IR в изоформе T002 его ORF была сдвинута, и в результате белковый домен, который является консервативным в ортологах травы, не полностью идентифицируется у кукурузы. T002 имеет самый длинный CDS, но T003 превосходит его по длине домена и расстоянию редактирования аннотации.
Рисунок 3. Выравнивание и ранжирование различных изоформ. (A) Множественное выравнивание последовательностей генного дерева с цветовой кодировкой интерпро-домена. Оранжевый домен консервативен в ортологах травы, но не идентифицируется полностью у кукурузы, потому что сохраненный интрон разрушает его и вызывает сдвиг рамки (показано стрелкой).Получившаяся более длинная трансляция была выбрана для анализа в конвейере генного дерева. Разные цвета означают разные межпроцессорные домены, черный цвет означает «здесь нет домена», слегка заштрихованная область указывает на разрыв в множественном выравнивании последовательностей. Тонкие красные линии показывают положение экзонных переходов. (B) Ранжирование различных изоформ Zm00001d003817 на основе различных стандартов. T002 имеет самый длинный CDS, но T003 превосходит его по длине домена и расстоянию редактирования аннотации.
Сравнительные исследования транскриптома одиночных молекул между близкими видами, что сравнивать?
Растущее число исследований транскриптомов на основе SMS позволило сравнить полноразмерные транскриптомы между эволюционно близкими видами и выявить причину дивергенции различных фенотипов между видами.Основываясь на ортологичных генах в двух организмах и связанных с ними полноразмерных транскриптомах, мы можем теперь сравнить варианты сплайсинга между видами и лучше понять консервацию генов / изоформ, расхождение паттернов сплайсинга и значимость уровней их экспрессии. Первое сравнительное исследование транскриптома на основе SMS было проведено Wang et al. (2018). Консервативные гены и изоформы были идентифицированы между этими двумя видами, было обнаружено, что экспрессия генов и альтернативный сплайсинг играют важную роль в дивергенции архитектуры растений между эволюционно близкими видами.Однако для проведения этих сравнительных исследований необходимы определенные требования, такие как: (1) ткани, выбранные в этом исследовании, должны находиться на одной или очень сходной стадии развития, чтобы сравнение было значимым; (2) должна существовать пороговая глубина секвенирования, чтобы большинство изоформ было захвачено в каждой ткани / организме.
Заключение
Стоит отметить, что по мере того, как платформы TGS продолжают развиваться, они сталкиваются со своими собственными проблемами. Три из наиболее распространенных проблем, связанных, особенно с ранними длинными чтениями PacBio, – это грубые ошибки чтения, низкая пропускная способность и высокая стоимость.Ошибки, превышающие допустимые, в необработанных считываниях ограничивают идентификацию de novo транскриптов, что требует наличия эталонного генома (Au et al., 2012). Низкая пропускная способность клеток SMRT затрудняет точное количественное определение экспрессии транскрипта. В результате большинство захваченных изоформ являются изоформами с высокой экспрессией, а изоформы с низкой экспрессией обычно теряются. Также относительно более длинные транскрипты с большей вероятностью будут пропущены из-за более длительного времени жизни полимеразы, необходимого для обеспечения прохождения полной длины во время секвенирования.При этом глубина секвенирования имеет значение для исследования Iso-Seq, особенно когда дело доходит до сравнения между различными тканями, условиями или даже разными видами, поэтому необходима более высокая глубина секвенирования, чтобы сравнение было убедительным. В качестве меры восполнения пробелов набор данных длительного чтения может быть дополнен более точными и многочисленными короткими считываниями, если они доступны, для решения этих проблем (Hansen et al., 2011). PacBio Sequel с его улучшенным химическим составом пытается решить эти проблемы, предлагая более высокую длину секвенирования, допускающую большее количество проходов для согласованной автокоррекции, а также более высокую пропускную способность от ячеек SMRT.
С учетом того, что транскрипты Iso-Seq используются для аннотирования все большего и большего числа геномов, другой проблемой является необходимость ранжирования и определения приоритетов для исследований сообщества растущего числа изоформ, идентифицированных из различных тканей / состояний в организме. Хотя SMS доминирует в секвенировании транскриптомов с его способностью идентифицировать полную информацию о каждом транскрипте, он поднял новые вопросы, такие как, как бороться с большим количеством вновь идентифицированных изоформ и каковы их функции.Экспериментальные подходы, такие как CRISPR, могут помочь, ориентируясь на роль каждой изоформы и проверяя, есть ли избыточные или дополнительные функции среди этих различных изоформ сплайсинга.
Авторские взносы
BW и VK разработали концептуальный план и составили рукопись. BW, VK и AO предоставили рисунки и таблицу. Все авторы внесли свой вклад в рецензирование окончательной рукописи.
Финансирование
Эта работа была поддержана USDA 8062-21000-044-00D и NSF IOS 1127112.
Заявление о конфликте интересов
Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.
Сноски
- https://github.com/PacificBiosciences/pbcommand
Список литературы
Абдель-Гани, С. Э., Гамильтон, М., Якоби, Дж. Л., Нгам, П., Девитт, Н., Шилки, Ф. и др. (2016). Обзор транскриптома сорго с использованием длинных считываний одиночных молекул. Nat. Commun. 2016: 11706. DOI: 10.1038 / ncomms11706
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Адамс, М. Д., Келли, Дж. М., Гокейн, Дж. Д., Дубник, М., Полимеропулос, М. Х., Сяо, Х. и др. (1991). Комплементарное секвенирование ДНК: метки экспрессированной последовательности и проект генома человека. Наука 252, 1651–1656.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Аламанкос, Г. П., Пажес, А., Тринкадо, Дж. Л., Беллора, Н., и Эйрас, Э.(2015). Использование количественной оценки транскриптов для быстрого вычисления альтернативных профилей сращивания. РНК 21, 1521–1531. DOI: 10.1261 / rna.051557.115
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Алвин, Дж. К., Кемп, Д. Дж., И Старк, Г. Р. (1977). Метод обнаружения специфических РНК в агарозных гелях путем переноса на диазобензилоксиметилбумагу и гибридизации с ДНК-зондами. Proc. Natl. Акад. Sci. США 74, 5350–5354.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Амбардар, С., Гупта, Р., Тракро, Д., Лал, Р., и Вахлу, Дж. (2016). Высокопроизводительное секвенирование: обзор химии секвенирования. Indian J. Microbiol. 56, 394–404.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Ардуи С., Амер А., Вермиш Дж. Р. и Хестанд М. С. (2018). Секвенирование одиночных молекул в реальном времени (SMRT) достигло совершеннолетия: приложения и утилиты для медицинской диагностики. Nucleic Acids Res. 46, 2159–2168. DOI: 10.1093 / nar / gky066
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Au, К.Ф., Себастьяно, В., Афшар, П. Т., Дуррути, Дж. Д., Ли, Л., Уильямс, Б. А. и др. (2013). Характеристика транскриптома ESC человека с помощью гибридного секвенирования. Proc. Natl. Акад. Sci. США 110, E4821 – E4830. DOI: 10.1073 / pnas.1320101110
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Бадуин, Х., Гузи, Дж., Грасса, К. Дж., Мюрат, Ф., Стейтон, С. Е., Коттрет, Л. и др. (2017). Геном подсолнечника дает представление о метаболизме масла, цветении и эволюции астерид. Природа 546, 148–152. DOI: 10.1038 / природа22380
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Бахасси-эль, М., Стамбрук, П. Дж. (2014). Технологии секвенирования нового поколения: преодоление звукового барьера генетики человека. Мутагенез 29, 303–310. DOI: 10.1093 / mutage / geu031
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Беккер-Андре, М., и Хальброк, К. (1989). Абсолютное количественное определение мРНК с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР).Новый подход к анализу титрования транскриптов с помощью ПЦР (PATTY). Nucleic Acids Res. 17, 9437–9446.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Блоу, М. Дж., Кларк, Т. А., Даум, К. Г., Дойчбауэр, А. М., Фоменков, А., Фрис, Р. и др. (2016). Эпигеномный ландшафт прокариот. PLoS Genet. 12: e1005854. DOI: 10.1371 / journal.pgen.1005854
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Бреннер, С., Джонсон, М., Бриджем, Дж., Голда, Г., Ллойд, Д. Х., Джонсон, Д., и др. (2000). Анализ экспрессии генов путем массового параллельного секвенирования сигнатур (MPSS) на массивах микрогранул. Nat. Biotechnol. 18, 630–634.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Казамассими А., Федерико А., Риенцо М., Эспозито С. и Чиккодикола А. (2017). Транскриптомное профилирование болезней человека: новые достижения и перспективы. Внутр. J. Mol. Sci. 18: E1652. DOI: 10.3390 / ijms18081652
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Кастель, С.Э., Мохаммади, П., Чунг, В. К., Шен, Ю., и Лаппалайнен, Т. (2016). Фазирование редких вариантов и гаплотипическая экспрессия при секвенировании РНК с помощью phASER. Nat. Commun. 7: 12817. DOI: 10.1038 / ncomms12817
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Ченг Б., Фуртадо А. и Генри Р. Дж. (2017). Долговременное секвенирование транскриптома кофейных зерен показывает разнообразие полноразмерных транскриптов. Gigascience 6, 1–13. DOI: 10.1093 / gigascience / gix086
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Чин, К.С., Александер, Д. Х., Маркс, П., Кламмер, А. А., Дрейк, Дж., Хайнер, К. и др. (2013). Негибридные, готовые сборки микробного генома из данных секвенирования SMRT с длинным считыванием. Nat. Методы 10, 563–569. DOI: 10.1038 / nmeth.2474
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Конеса А., Мадригал П., Таразона С., Гомес-Кабреро Д., Сервера А., Макферсон А. и др. (2016). Обзор лучших практик анализа данных RNA-seq. Genome Biol. 17:13.DOI: 10.1186 / s13059-016-0881-8
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Кук Д., Валле-Инклан, Дж. Э., Паджоро, А., Ровенич, Х., Томма, Б., и Файно, Л. (2018). Аннотации для длинного чтения (LoReAn): автоматическая аннотация эукариотического генома на основе секвенирования кДНК при долгом чтении. Plant Physiol. 179, 38–54. DOI: 10.1104 / стр. 18.00848
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст
Деонович, Б., Ван, Ю., Вейратер, Дж., Ван, X. Дж., И Ау, К.Ф. (2017). IDP-ASE: гаплотипирование и количественная оценка аллель-специфической экспрессии на уровне гена и изоформы гена путем гибридного секвенирования. Nucleic Acids Res. 45: e32. DOI: 10.1093 / nar / gkw1076
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Добин А., Дэвис К. А., Шлезингер Ф., Дренкоу Дж., Залески К., Джа С. и др. (2013). STAR: сверхбыстрый универсальный выравниватель RNA-seq. Биоинформатика 29, 15–21. DOI: 10.1093 / биоинформатика / bts635
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Фуассак, С.и Саммет М. (2007). Astalavista: динамический и гибкий анализ альтернативных событий сплайсинга в пользовательских наборах генных данных. Nucleic Acids Res. 35, 297–299.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Гудвин, С., Гуртовски, Дж., Эте-Сэйерс, С., Дешпанде, П., Шац, М. К., и МакКомби, В. Р. (2015). Секвенирование Oxford Nanopore, исправление гибридных ошибок и сборка de novo эукариотического генома. Genome Res. 25, 1750–1756. DOI: 10.1101 / gr.1
.115PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Гудвин, С., Макферсон, Дж. Д., и Маккомби, У. Р. (2016). Достигнув совершеннолетия: десять лет технологиям секвенирования следующего поколения. Nat. Преподобный Жене. 17, 333–351. DOI: 10.1038 / nrg.2016.49
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Гордон, С. П., Ценг, Э., Саламов, А., Чжан, Дж., Мэн, X., Чжао, З. и др. (2015). Распространенные полицистронные транскрипты у грибов, выявленные с помощью секвенирования одномолекулярной мРНК. PLoS One 10: e0132628. DOI: 10,1371 / журнал.pone.0132628
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Gowda, M., Jantasuriyarat, C., Dean, R.A., and Wang, G.L. (2004). Robust-LongSAGE (RL-SAGE): существенно улучшенный метод LongSAGE для обнаружения генов и анализа транскриптомов. Plant Physiol. 134, 890–897. DOI: 10.1104 / стр.103.034496
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Грубер А. Р., Мартин Г., Келлер В. и Заволан М. (2013). Средство достижения цели: механизмы альтернативного полиаденилирования предшественников матричной РНК. Wiley Interdiscip. Rev. RNA 5, 183–196. DOI: 10.1002 / wrna.1206
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Хаас, Б. Дж., Цзэн, К., Пирсон, М. Д., Куомо, К., и Вортман, Дж. Р. (2011). Подходы к аннотации генома грибов. Микология 2, 118–141. DOI: 10.1080 / 21501203.2011.606851
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Hackl, T., Hedrich, R., Schultz, J., and Förster, F. (2014). proovread : крупномасштабная высокоточная коррекция PacBio посредством итеративного консенсуса по короткому чтению. Биоинформатика 30, 3004–3011. DOI: 10.1093 / биоинформатика / btu392
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Хансен, К. Д., Ву, З., Иризарри, Р. А., и Лик, Дж. Т. (2011). Технология секвенирования не исключает биологической изменчивости. Nat. Biotechnol. 29, 572–573.
Google Scholar
Холт, К., Янделл, М. (2011). MAKER2: конвейер аннотаций и инструмент управления базой данных генома для проектов генома второго поколения. BMC Bioinformatics 12: 491. DOI: 10.1186 / 1471-2105-12-491
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Цзяо, В. Б., и Шнеебергер, К. (2017). Влияние геномных технологий третьего поколения на сборку генома растений. Curr. Opin. Plant Biol. 36, 64–70. DOI: 10.1016 / j.pbi.2017.02.002
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Цзяо, Ю. П., Пелусо, П., Ши, Дж. Х., Лян, Т., Стицер, М. К., Ван Б. и др. (2017). Улучшенный эталонный геном кукурузы с использованием одномолекулярных технологий. Природа 546, 524–527. DOI: 10.1038 / природа22971
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Jongeneel, C.V., Delorenzi, M., Iseli, C., Zhou, D., Haudenschild, C.D., Khrebtukova, I., et al. (2005). Атлас экспрессии генов человека на основе массивно-параллельного секвенирования сигнатур (MPSS). Genome Res. 15, 1007–1014. DOI: 10.1101 / gr.4041005
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Карш-Мизрахи, И., Takagi, T., Cochrane, G., и Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей (2018). Сотрудничество с международной базой данных нуклеотидных последовательностей. Nucleic Acids Res. 46, D48 – D51. DOI: 10.1093 / nar / gkx1097
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Корен, С., Шац, М. К., Валенц, Б. П., Мартин, Дж., Ховард, Дж. Т., Ганапати, Г. и др. (2012). Гибридная коррекция ошибок и сборка de novo считываний секвенирования одной молекулы. Nat.Biotechnol. 30, 693–700. DOI: 10.1038 / NBT.2280
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Кумар, С., Раззак, С. К., Во, А. Д., Гаутам, М., и Ли, Х. (2016). Идентификация транскриптов слияния с использованием секвенирования следующего поколения. Wiley Interdiscip. Rev. RNA 7, 811–823. DOI: 10.1002 / wrna.1382
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Куо, Р. И., Ценг, Э., Эори, Л., Патон, И. Р., Арчибальд, А. Л., и Берт, Д.W. (2017). Нормализованное секвенирование РНК с длинным считыванием у курицы выявляет сложность транскриптома, аналогичную человеческой. BMC Genomics 18: 323. DOI: 10.1186 / s12864-017-3691-9
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Токарный, У., Уильямс, Дж., Манган, М., и Карольчик, Д. (2008). Ресурсы геномных данных: проблемы и перспективы. Nat. Educ. 1: 2.
Google Scholar
Лю X., Мэй В., Солтис П. С., Солтис Д. Э. и Барбазук В.Б. (2017). Обнаружение альтернативно сплайсированных изоформ транскриптов из одномолекулярных последовательностей с длинным считыванием без эталонного генома. Мол. Ecol. Ресурс. 17, 1243–1256. DOI: 10.1111 / 1755-0998.12670
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Локхарт, Д. Дж., Донг, Х., Бирн, М. К., Фоллетти, М. Т., Галло, М. В., Чи, М. С. и др. (1996). Мониторинг экспрессии путем гибридизации с массивами олигонуклеотидов высокой плотности. Nat. Biotechnol. 14, 1675–1680.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Mangul, S., Yang, T.H., Hormozdiari, F., Dainis, A.M., Tseng, E., Ashley, E.A., et al. (2017). HapIso: точный метод реконструкции изоформ, специфичных для гаплотипов, из длинных считываний одной молекулы. IEEE Trans. Nanobiosci. 16, 108–115. DOI: 10.1109 / TNB.2017.2675981
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Марра М.А., Хиллиер Л. и Уотерстон Р. Х. (1998). Выраженные теги последовательностей: EST Установление мостов между геномами. Trends Genet. 14, 4–7.
Google Scholar
Matsumura, H., Ito, A., Saitoh, H., Winter, P., Kahl, G., Reuter, M., et al. (2005). SuperSAGE. Cell Microbiol. 7, 11–18. DOI: 10.1111 / j.1462-5822.2004.00478.x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Мейерс, Б. К., Ву, Т. Х., Тедж, С. С., Газаль, Х., Матвиенко, М., Агравал, В. и др. (2004). Анализ сложности транскрипции Arabidopsis thaliana путем массового параллельного секвенирования сигнатур. Nat. Biotechnol. 22, 1006–1011. DOI: 10.1038 / nbt992
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Миллер, Дж. Р., Чжоу, П., Мадж, Дж., Гуртовски, Дж., Ли, Х., Рамарадж, Т. и др. (2017). Гибридная сборка с длинными и короткими считываниями улучшает обнаружение расширений семейства генов. BMC Genomics 18: 541. DOI: 10.1186 / s12864-017-3927-8
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Мурти, С., Мэттокс, К.Дж. И Райт К. Ф. (2011). Обзор технологий массового параллельного секвенирования ДНК. Хьюго Дж. 5, 1–12.
Google Scholar
Морозова О., Херст М., Марра М. А. (2009). Применение новых технологий секвенирования для анализа транскриптомов. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 10, 135–151. DOI: 10.1146 / annurev-genom-082908-145957
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Рэнг, Ф. Дж., Клоостерман, У. П., и де Риддер, Дж. (2018). От волнистости к базовой паре: вычислительные подходы для повышения точности чтения при секвенировании нанопор. Genome Biol. 13:90. DOI: 10.1186 / s13059-018-1462-9
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Роджерс, М. Ф., Томас, Дж., Редди, А. С., и Бен-Гур, А. (2012). Splicegrapher: обнаружение паттернов альтернативного сплайсинга из данных РНК-SEQ в контексте генных моделей и данных EST. Genome Biol. 13: R4. DOI: 10.1186 / гб-2012-13-1-р4
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Рю, К. Х., Хуанг, Л., Кан, Х. М., и Шифельбейн, Дж. (2019). Секвенирование одноклеточной РНК разрешает молекулярные взаимоотношения между отдельными растительными клетками. Plant Physiol. 179, 1444–1456. DOI: 10.1104 / стр.18.01482
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Saccone, C., and Pesole, G. (2003). Справочник по сравнительной геномике: принципы и методология. Нью-Йорк, Нью-Йорк: Вили-Лисс, 133.
Saha, S., Sparks, A. B., Rago, C., Akmaev, V., Wang, C.J., Vogelstein, B., et al. (2002). Использование транскриптома для аннотирования генома. Nat. Biotechnol. 20, 508–512. DOI: 10.1038 / nbt0502-508
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Сэнгер Ф. и Колсон А. Р. (1975). Быстрый метод определения последовательностей в ДНК путем примированного синтеза ДНК-полимеразой. J. Mol. Биол. 94, 441–448.
Google Scholar
Сэнгер Ф., Никлен С. и Колсон А. Р. (1977). Секвенирование ДНК с помощью ингибиторов обрыва цепи. Proc. Natl. Акад. Sci. США 74, 5463–5467.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Шена М., Шалон Д., Дэвис Р. В. и Браун П. О. (1995). Количественный мониторинг паттернов экспрессии генов с помощью комплементарного ДНК-микрочипа. Наука 270, 467–470.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Schloss, J.А. (2008). Как получить геномы за одну десятитысячную стоимости. Nat. Biotechnol. 26, 1113–1115.
Google Scholar
Семрау С., Крозетто Н., Биенко М., Бони М., Бернаскони П., Кьярле Р. и др. (2014). FuseFISH: надежное обнаружение слитых транскрибированных генов в отдельных клетках. Cell Rep. 6, 18–23. DOI: 10.1016 / j.celrep.2013.12.002
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Со, Дж. С., Ри, А., Ким, Дж., Ли, С., Sohn, M.H., Kim, C.U., et al. (2016). Сборка Denovo и этапирование корейского генома человека. Природа 538, 243–247. DOI: 10.1038 / природа20098
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Шен, Ю., Цзи, Г., Хаас, Б. Дж., Ву, X., Чжэн, Дж., Риз, Г. Дж. И др. (2008). Анализ на уровне генома сигналов процессинга 3′-конца мРНК риса и альтернативного полиаденилирования. Nucleic Acids Res. 36, 3150–3161. DOI: 10.1093 / nar / gkn158
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Шен, Ю., Вену, Р.С., Нобута, К., Ву, X., Нотибала, В., Демирчи, К. и др. (2011). Динамика транскриптома посредством альтернативного полиаденилирования в ответах на развитие и окружающую среду у растений, выявленных с помощью глубокого секвенирования. Genome Res. 21, 1478–1486. DOI: 10.1101 / gr.114744.110
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Шендуре, Дж., Баласубраманиан, С., Черч, Г. М., Гилберт, В., Роджерс, Дж., Шлосс, Дж. А. и др. (2017). Секвенирование ДНК в 40 лет: прошлое, настоящее и будущее. Природа 550, 345–353. DOI: 10.1038 / природа24286
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Steijger, T., Abril, J. F., Engström, P. G., Kokocinski, F., Rgasp Consortium, Hubbard, T. J., et al. (2013). Оценка методов реконструкции транскриптов для RNA-seq. Nat. Методы 10, 1177–1184. DOI: 10.1038 / Nmeth.2714
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Тардагуила, М., де ла Фуэнте, Л., Марти, К., Pereira, C., Pardo-Palacios, F. J., Del Risco, H., et al. (2018). SQANTI: обширная характеристика последовательностей длинночитываемых транскриптов для контроля качества при идентификации и количественной оценке полноразмерных транскриптомов. Genome Res. 28, 396–411. DOI: 10.1101 / gr.222976.117
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Testa, A.C., Hane, J.K., Ellwood, S.R., и Oliver, R.P. (2015). CodingQuarry: высокоточное предсказание генов на скрытой марковской модели в геномах грибов с использованием транскриптов RNA-seq. BMC Genomics 16: 170. DOI: 10.1186 / s12864-015-1344-4
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Тилгнер Х., Груберт Ф., Шарон Д. и Снайдер М. П. (2014). Определение персонального, аллель-специфичного и одномолекулярного транскриптома с длительным считыванием. Proc. Natl. Акад. Sci. США 111, 9869–9874. DOI: 10.1073 / pnas.1400447111
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Велкулеску, В. Э., Чжан, Л., Фогельштейн, Б.и Кинзлер К. В. (1995). Серийный анализ экспрессии генов. Наука 270, 484–487. DOI: 10.1126 / science.270.5235.484
CrossRef Полный текст | Google Scholar
Вадапуркар Р. М. и Вьяс Р. (2018). Вычислительный анализ данных секвенирования нового поколения и его применения в клинической онкологии. Информ. Med. Разблокирован 11, 75–82.
Google Scholar
Ван Б., Регульски М., Ценг Э., Олсон А., Гудвин С., МакКомби В.R., et al. (2018). Сравнительный транскрипционный ландшафт кукурузы и сорго, полученный с помощью одномолекулярного секвенирования. Genome Res. 28, 921–932. DOI: 10.1101 / gr.227462.117
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Wang, B., Tseng, E., Regulski, M., Clark, T.A., Hon, T., Jiao, Y., et al. (2016). Раскрытие сложности транскриптома кукурузы путем долгого чтения одной молекулы. Nat. Commun. 7: 11708. DOI: 10.1038 / ncomms11708
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Вейратер, Дж.Л., Афшар, П. Т., Кларк, Т. А., Ценг, Э., Пауэрс, Л. С., Андервуд, Дж. Г. и др. (2015). Характеристика генов слияния и значительно экспрессируемых изоформ слияния при раке молочной железы путем гибридного секвенирования. Nucleic Acids Res. 43: e116. DOI: 10.1093 / nar / gkv562
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Whiteford, N., Skelly, T., Curtis, C., Ritchie, M. E., Lohr, A., Zaranek, A. W., et al. (2009). Swift: анализ первичных данных для платформы секвенирования Illumina Solexa. Биоинформатика 25, 2194–2199. DOI: 10.1093 / биоинформатика / btp383
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Ву, Т. Д., и Ватанабэ, К. К. (2005). GMAP: программа геномного картирования и выравнивания последовательностей мРНК и EST. Биоинформатика 21, 1859–1875.
PubMed Аннотация | Google Scholar
Wu, W., Zong, J., Wei, N., Cheng, J., Zhou, X., Cheng, Y., et al. (2018). Построение комплексного метода узла стыковки для обнаружения альтернативных событий стыковки.